Mais en dépit des ces atouts naturels, plusieurs contrées d'El Guerrara souffrent encore du manque d'eau qui risque d'annihiler les efforts consentis par des centaines de fellahs pour la mise en valeur des terres arables. En effet, parmi les contraintes qui freinent l'essor de l'activité agricole dans cette localité, pour laquelle des sommes considérables d'argent ont été injectées dans la plantation d'arbres fruitiers et autres palmiers, figure l'insuffisance des eaux d'irrigation. Cette situation touche particulièrement la région d'El Gatouff qui souffre énormément des effets d'une longue sécheresse, et ce, malgré la récente mise en exploitation d'un nouveau puits pour l'extraction des eaux souterraines. Seulement, les fellahs de cette région ne cessent de se plaindre du faible débit de ce puits, fonctionnant au moyen de pompes électriques. Le même problème hante les agriculteurs de Bounoura, une autre contrée relevant de la commune d'El Guerrara, où existe une vaste oasis employant une vingtaine de fellahs. Ces derniers font également face à la rareté des eaux d'irrigation, en attendant une hypothétique aide des autorités compétentes afin de sauver cette oasis d'une disparition annoncée.
