Au terme de deux jours de débats intenses, les délégués de la conférence de Cordoue ont pu se mettre d'accord sur un certain nombre de recommandations à même d'atténuer l'islamophobie rampante qui sévit dans certains milieux européens. Il a été ainsi mis l'accent sur la nécessité de faire un travail de fond sur le discours public et médiatique ainsi que sur l'éducation afin de corriger les représentations colportées sur l'islam et ses fidèles. A la clé, il a été recommandé d'adopter des mesures coercitives par le législateur pour sanctionner toute atteinte à la dignité des 13 millions de musulmans recensés au sein de l'Union européenne. En guise de mot de clôture, M. Moratinos a lu la « déclaration de Cordoue » qui a reconduit les principales résolutions susmentionnées en insistant sur la ferme condamnation, par les Etats membres de l'OSCE, de toute forme de discrimination à l'endroit des musulmans. Le ministre espagnol des Affaires étrangères s'est attardé par ailleurs sur la nécessité de favoriser un dialogue interculturel et interreligieux permanent entre les différentes communautés, la promotion des droits de l'homme, la participation active des musulmans d'Europe à la vie sociale et politique de leurs pays respectifs ainsi que le rejet ferme et définitif de tout amalgame entre islam et terrorisme.
