La capitale des Zibans renferme un riche patrimoine religieux qui s'est constitué pendant plusieurs dizaines de siècles. Selon une récente liste répertoriant l'ensemble des sites historiques de Biskra, la mosquée Okba Ibn Nafaâ vient en tête des monuments culturels locaux. Bâti il y a dix siècles, cet établissement est, à la faveur d'une ambitieuse opération de requalification, en phase de devenir un complexe culturel islamique, parallèlement aux travaux de restauration de la mosquée originelle. Une autre importante institution cultuelle de la wilaya est la mosquée de Khaled Ben Sinan. Les mosquées de Sidi Ahmed Ettayar, Sidi Kadassi, Sidi Aïssa (Bouchagroun), Sidi Ali (M'chounech), Sidi Abdel Ghafar et bien d'autres composent la longue liste des mosquées historiques des Zibans. Le réseau des zaouïas de Biskra est également étendu. La plus importante, à ce jour, la zaouïa Othmania de Tolga, fondée en 1780 par Sidi Ali Benamor, conserve un fonds documentaire de manuscrits consultés régulièrement par les chercheurs et historiens. L'établissement enseigne aussi le Coran et les sciences de la charia à 100 étudiants de l'ensemble du territoire national.Les zaouïas Mokhtaria et Tataiyya de Ouled Djellal, la zaouïa du cheikh Benazouz, la zaouïa Khengui et la zaouïa Kadiria de Biskra continuent également d'activer au service de l'enseignement religieux. De très anciennes écoles coraniques existent également à Biskra, dont les plus importantes sont Ennassiria de Khenguet Sidi Nadji, construite sur le style de la Zitouna de Tunisie, el-Oukhouwa et celle de M'chounech, érigée en 1948 par l'association des oulémas. Biskra compte également plusieurs mausolées d'importance historique, dont celui du compagnon du prophète Okba Ibn Nafaâ en plus de ceux de Khaled Ben Sinan, Sidi Zarzour et Abderrahmane el-Akhdari.