Toutefois, l'administration coloniale faisant fi de cette fonction le nomma à une fonction subalterne, celle de bachagha. Considérant l'attitude de l'administration française comme une offense faite à sa famille ainsi qu'à lui-même, Cheikh Mohammed El-Mokrani présenta sa démission et regagna ses propriétés à Ben Aknoun, près d'Alger, suite à l'initiative prise par les autorités coloniales de nommer l'officier Marmier, gouverneur de la région de Bordj Bou Arréridj. Un autre officier fut également désigné pour le poste de Tazmalt, fondé par son frère Lakhdar El-Mokrani. Aux yeux du Bachagha El-Mokrani, ces agissements furent considérés comme un déni de sa valeur, une limitation effective de son influence et une extension de l'influence française dans les régions qui étaient sous son autorité. Il jugea donc nécessaire de s'empresser de déclarer la guerre sainte, se basant pour cela sur sa force locale. L'initiative fut donc prise en février 1871 au cours d'une réunion importante qu'il a tenue au marché de Sidi Aïssa à laquelle assistèrent les chefs de tribus et où Cheikh El-Mokrani appela au déclenchement de la Révolution et la proclamation de la guerre sainte, guerre qu'il poursuivit inlassablement jusqu'à sa mort au champ d'honneur, au cours de la bataille d'Oued Soufflat, le 5 mai 1871.
