Constat n Par la main de l'homme – et parfois à cause de la nature – cette réserve naturelle subit des préjudices incommensurables qui, à terme, risquent de lui faire disparaître son couvert naturel et venir à bout de son écosystème. Le braconnage et le pacage illicites, la pollution, les labours anarchiques et le manque de projets de reboisement et de gardiennage sont parmi les facteurs qui menacent le parc national de Djebel Aïssa à Naâma, selon des professionnels et des représentants d'associations écologiques locales. Plusieurs espèces faunistiques évoluant dans cet écosystème comme les lézards sont menacées de disparition, du fait de la chasse et de la destruction de ses foyers au niveau de cette réserve naturelle qui a fait l'objet ces dernières années d'actions de repeuplement par des espèces menacées auparavant de disparition. A ce propos, un cadre et chercheur à la direction de l'environnement a indiqué que le couvert végétal de cette réserve naturelle est propice à l'évolution de l'avifaune et la promotion de l'apiculture particulièrement. Des espèces animales : hyènes, gazelles, loups, oiseaux et des reptiles ont toutefois disparu de cet écosystème du fait du braconnage. En outre, cette réserve naturelle a été soumise vers la fin des années 1980 à la désertification à cause de la propagation des labours anarchiques, à l'origine de la dégradation totale des plantations pastorales en plus de la faible pluviométrie. C'est à la suite de ces facteurs, ayant mené à la déperdition du couvert végétal et des pâturages, qu'un décret exécutif a été promulgué en mars 2003 pour classer la réserve de Djebel Aïssa, située à 82 km au sud-est de la wilaya de Naâma, en tant que parc national en vue de régénérer son couvert végétal, de fixer les dunes et de lutter contre l'érosion à travers la correction torrentielle. Il a été également question de dégager des espaces pour la recherche scientifique dans le souci de valorisation et de protection des ressources naturelles recensées sur les lieux. Une pépinière a été créée dans le cadre de ces efforts pour la production des fourrages s'adaptant avec la nature du climat et du sol et qui résistent à la sécheresse, en sus du renforcement de la ceinture verte du Djebel par la plantation d'oliviers pour la fixation des sols sur 62 hectares en tant que brise-vents. Des points d'eau et des djoubs réservés à l'irrigation et à l'abreuvement de cheptels ont été également réalisés dans cette même optique. L'espace des monts Djebel Aïssa, qui s'étend sur 24 400 hectares et culmine à 2 225 mètres d'altitude, dispose d'un couvert végétal diversifié constitué de variétés forestières et de près de 180 plantes médicinales en plus de sources d'eaux naturelles en plusieurs endroits.
