Ibn Khaldoun, l'historien et philosophe musulman qui séjourna à Biskra en 1352, écrivit beaucoup sur les descendants de la ville et sur toute la région et décrivit le litige entre les deux chefs, Koceila et Oqba Ibn Nafî Al Fihri. Pendant l'ère musulmane, la ville de Biskra était le siège de Koceila. En tant que chef des musulmans berbères, il avait le commandement de toutes les tribus chaouies zénètes et de sa tribu des Aurébas. Après un litige qui l'opposa à son adversaire, Biskra sera sous le commandement de Oqba Ibn Nafî Al Fihri et sous la dynastie des Omeyyades. Koceila change de siège et nomme Kaïrouan comme capitale berbère et déclare être chrétien en voulant se rebeller contre l'autorité des Omeyyades. La reine des Aurès, la Kahina, se soulève contre Oqba Ibn Nafî Al Fihri à cause de la mort de son général Koceila. Elle vengera la mort de Koceila. Elle ordonne à la tribu de Tahouda, proche de l'actuelle ville de Sidi Okba, de tuer le calife omeyyade. Oqba Ibn Nafî Al Fihri sera tué. Son corps reposera dans la mosquée qui sera érigée à l'endroit de sa mort et qui portera son nom. D'après l'imam de cette mosquée, «ce lieu qui contient plus de 300 tombes est le 4e lieu saint de l'islam, après La Mecque, Médine et El Aqsa». Plusieurs dynasties régneront à Biskra Biskra est une ville qui a appartenu respectivement aux Zénètes et aux Aurébas de Koceila et aux Byzantins, avant l'avènement de l'islam. Après la mort de Oqba Ibn Nafî Al Fihri et de la Kahina, une nouvelle ère s'annonce sous Tariq Ibn Ziyad et Moussa Ibn Nosayr. Biskra devient alors un relais entre le Sahara et le Nord et des villes telles que Kaïrouan en Tunisie, Tlemcen, Constantine, Bougie ou Fès au Maroc ou Cordoue en Espagne. Différentes dynasties et empires régneront à Biskra : les Zénètes, les Omeyyades, les Fatimides, les Hammadites, les Hilaliens, les Almohades, les Mérinides, les Zianides, les Hafsides, les Ottomans. La ville de Biskra sera le théâtre de plusieurs batailles. Plusieurs gens vont se réfugier dans les montagnes des Aurès pour échapper à la mort. La plupart de ses membres étaient originaires de Biskra et des environs : Ouled Djellal, Tolga, Sidi Okba, El Oued. Certains vivaient d'une manière très proche des musulmans. Au 4e siècle après J.-C., les Vandales envahirent la ville de Biskra et occupèrent toute sa terre après une longue résistance de ses habitants. La faiblesse des Vandales et leur chute devant la résistance et les combats continus des habitants les ont obligés à s'intégrer avec les habitants des Ziban d'une façon complète. Après quelques dizaines d'années, les Romains reprirent la direction de la ville où ils construisirent des obstacles pour se protéger des vengeances de la population. Ils restèrent avec une telle vigilance jusqu'à l'arrivée du conquérant arabe Oqba Ibn Nafî Al Fihri au 7e siècle après J.-C. Pendant cette période, toute la zone devint sous une autre monarchie. Ce fut la monarchie arabo-musulmane. Après 20 ans de conquêtes, Oqba Ibn Nafî mourut en 683 après J.-C. avec son armée lors de son retour du Maroc. Sa mort a été organisée par une embuscade montée par son adversaire, le prince numide (berbère) Koceila et son armée. Au début du 10e siècle, Biskra et toute la zone des Ziban ont été conquises par les rois de Beni Hammad, suivis après par la qabila de Elathbend des Banou Hilal (les Arabes hilaliens) qui enleva et confisqua les biens des habitants. Ces derniers demandèrent l'aide des Almohades du royaume de Marrakech au 12e siècle après J.-C. Au 14e siècle après J.-C., les Hafsides arrivèrent en Tunisie puis en Algérie. Biskra devint un pôle très important pour les Hafsides de Tunisie où elle resta sous leur monarchie et direction pour une longue période, puis sous l'autorité des Mérinides de Fès et Banou Abdelouadi et les Zenatiyin de Tlemcen. A l'origine, plusieurs appellations pour Biskra En 1541, la conquête de la ville par les Turcs commença, sous la direction de Hocine Agha qui défendit la ville d'Alger à l'époque et fit sortir les forces de Charles Quint de cette dernière. L'empire ottoman resta dans la ville trois siècles jusqu'à la colonisation française en 1830. Biskra, Sokkra, Vescra, Vecera, Adbesran, toutes ces nominations ont fait l'objet d'une grande recherche approfondie. Mais les historiens arabes et étrangers ne sont pas en accord sur les origines de son appellation. Parmi eux, plusieurs disent que son nom descend du nom romain Vecera, qui signifie «station» ou «endroit» d'échanges commerciaux, compte tenu de sa situation géographique qui relie le Nord au Sud. Mais le chef romain Betolimih Benyouba II lui donna un autre nom «la rivière du destin», qui est due à la rivière de Sidi Zarzour (le nom de la rivière aujourd'hui) qui traverse la ville. Certains chercheurs trouvent que son nom descend de l'ancien nom romain Adbesran due à l'ancienne source géothermale qui se trouve proche de la ville, Hammam Salihine aujourd'hui. D'autres sources disent que le vrai nom descend du mot sokkra, due à la meilleure qualité des dattes sucrées que cette ville possède partout dans ses oasis.
