في أول رد فعل على مطالب بعض الأزهريين من العاملين بالدعوة بأن يكون منصب شيخ الأزهر بالانتخاب، أكد الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر أنه يؤيد مسألة انتخاب شيخ الأزهر وأن يشارك فيه جميع علماء الأزهر . وقال الإمام الأكبر في تصريح خاص الإثنين ل" أون إسلام: "أنا من أقدم من نادى بأن يكون منصب شيخ الأزهر بالانتخاب وكان لي رأي في تلك المسألة أن كل شيء بالانتخاب هو أمر مهم يحقق التعاون، لكن بشرط أن يكون الانتخاب بطريقة نظيفة وحرة وصادقة بعيدة عن التربيطات والأموال". وأضاف أنه على استعداد أن تجرى الانتخابات على منصب شيخ الأزهر "من الآن وليس غدا"، وأنه سيشارك كأي عالم من علماء الأزهر في التصويت "ليكون منصب شيخ الأزهر يشغله من يختاره علماء الأزهر بكل رضى"، مؤكدا ان مطلب انتخاب شيخ الأزهر كان من أولوياته فور توليه هذا المنصب. وكان عدد من الأزهريين والدعاة قد تظاهروا السبت أمام وزارة الأوقاف وتوجهوا إلى مشيخة الأزهر طالبوا في بيان لهم أن يكون منصب شيخ الأزهر عن طريق الانتخاب من هيئة كبار علماء الأزهر وليس تعيينا من رئيس الدولة حماية لهذا المنصب المعظم في قلوب المسلمين من التبعية للأنظمة السياسية الحاكمة. وهي إشارة إلى تورط شيخ الأزهر الدكتور الطيب في تأييد الطاغية مبارك ضد ثوار الحرية والديمقراطية. وقال مصدر مقرب بالأزهر أنه في ظل تعطيل الدستور الحالي، ووضع دستور جديد للبلاد فإن شيخ الأزهر سيتقدم بمطلب العودة إلى اختيار شيخ الأزهر بالانتخاب، وبضمانات محددة. أضاف أنه في حالة الموافقة سيتم تشكيل هيئة من كبار العلماء والباحثين في الشريعة الإسلامية تتولى ترشيح فئة من أهل العلم والرأي للاختيار من بينهم. يُذكر أنه كان يتم انتخاب شيخ الأزهر عن طريق هيئة كبار العلماء التي ألغيت بعد إقرار القانون 103 لتنظيم الأزهر عام 1961 في عهد الرئيس جمال عبد الناصر، وصار بعددها شيخُ الأزهر يعيَّن من قبل رئيس الجمهورية.