اعتبر د. عبد المنعم أبو الفتح المرشح لرئاسة الجمهورية في مصر (كمستقل) "أنه لا يجوز أن تسعى جماعة الإخوان المسلمين أو الدعوة السلفية أو رجال الكنيسة إلى السلطة، ليتحول رجال الدين إلى زعماء سياسيين، لأن وظيفتهم الدفاع عن حقوق الأمة ووعيها أسمى وأهم وظيفة". وشدد القيادي الإخواني خلال لقاء جمعه بطلاب كلية الطب جامعة الإسكندرية تحت عنوان "مصر المستقبل" الإثنين، على أن "إحداث حالة من الذعر لإعاقة الحياة السياسية خطر على المصريين، ولا بد أن تعلو مصلحة الوطن على حساب جماعتنا وأحزابنا وانتماءاتنا"، مشيرا إلى "ضرورة وقف الصراعات الداخلية والتخوين التي ليس لها محل من الإعراب في أوساط الحياة السياسية". ونقلت صحيفة الشروق المصرية عن أبو الفتوح نفيه وجود ثمة اضطهاد له داخل جماعة الإخوان قائلا: "أنا لست مضطَهدا من الإخوان، وسيظل الخلاف الإداري بين الإخوان محل اعتزاز وتقدير." وأعرب أبو الفتوح عن تفهمه لمخاوف بعض الأخوة المسيحيين من حكم الإسلاميين مؤكدا في الوقت نفسه أن "العودة إلى التاريخ تؤكد عدم وجود اعتداء على كنائس من قبل المنتمين إلى الإسلام، والتخويف الإعلامي والأداء السيئ لبعض رجال الدين لما هو سيأتي بالمرحلة القادمة من دخول الإسلاميين بالحكم يسمى (الاستهبال السياسي)". كما أشار أبو الفتوح إلى "أن قصة الفتنة الطائفية علاجها ليس بالتبويس، ولكن بالقانون، وكفاءة دور العبادة مفتوحة للنائب العام والقانون وتحقيق عامل المواطنة التي هي جزء من العدالة السياسية" في إشارة إلى رفضه مداهنة الأقباط على حساب المسلمات القبطيات اللواتي تحتجزهن الكنيسة وتجبرهن على العودة إلى المسيحية. وعن حملته الرئاسية المرتقبة، لفت أبو الفتوح إلى أن دعم الحملة سيكون من خلال التبرعات المادية من قبل المصريين فقط في دعم حملته للترشح للانتخابات الرئاسية القادمة، ولكن بعد إصدار القانون والسماح بفتح باب التبرعات"، مؤكدا "أن مصر لن يديرها إلا من كلفه الشعب المصري بإداراته، ومرجعيته الوحيدة البرلمان المصري، وستظل مؤسسات المجتمع المدني وجماعة الأخوان المسلمين تقدم خدمات ورؤى للوطن، للعبور بمصر من هذه المرحلة الانتقالية"، نافيا في الوقت نفسه "ما يتردد عن دخول مصر مرحلة الانهيار الاقتصادي".