رحب علماء الأزهر الشريف بفوز الدكتور محمد مرسى برئاسة الجمهورية في مصر، فيما اختلفت مطالبهم منه بصفته رئيسا منتخبا بإرادة حرة، فالبعض دعاه إلى ضرورة تطبيق شرع الله، والآخر شدد على إرسائه قواعد الدولة المدنية القائمة على الشورى والعدل والمساواة، وأن يدعم الأزهر بعدم التدخل فى شؤونه، وبالعمل على استقلاله، وأن يكون المرجعية النهائية للمسلمين، والعمل على تحقيق العدل وترشيد النفقات والعفو عن معارضيه والابتعاد عن بطانة السوء. وطالب الدكتور محمود مهنا عضو مجمع البحوث الإسلامية الرئيس الجديد بتطبيق شرع الله قائلا (إننا اخترنا مرسى لأنه نادى بتحكيم شرع الله تعالى بين العباد، وقد قال الرسول عليه الصلاة والسلام (إذا ولى عليكم عبدا حبشيا كأن رأسه زبيبه يقودكم بكتاب الله فاسمعوا له وأطيعوا)، ودعا مهنا مرسي إلى الاقتداء بالرسول في معاملته لأهل مكة حينما فتحها، على الرغم من تعرضه لقسوتهم وإساءاتهم وصلفهم وجبروتهم ضده، إلا أنه قال لهم في أوج قوته (اذهبوا فأنتم الطلقاء). وتمنى مهنا أن يحذو مرسى حذو نيلسون مانديلا فى جنوب أفريقيا في العدل والمساواة، وإقرار الحريات والارتقاء بالبلاد، والحفاظ على القوات المسلحة، وأن يعلن الرئيس العفو العام والبراءة لمعارضيه ويعمل على تحقيق العدالة الاجتماعية، إضافة إلى القضاء على الفقر والبطالة وعلاج مشكلات أساتذة الجامعات. وطالب مهنا بأن (يستوصى الرئيس بالأزهر خيرا، ويجعله المرجعية الأولى لمصر والعالم الإسلامي، فمصر بلا أزهرها تساوي صفر). وأشار الدكتور عبد المعطي بيومي عضو مجمع البحوث الإسلامية، إلى أن إعلان فوز مرسي برئاسة الجمهورية يعني (أن الثورة حققت نجاحا كبيرا)، داعيا إياه بإحداث تغيير حقيقي للمجتمع المصري، وبخاصة أن الرئيس الجديد لديه أفكار وأحلام نبيلة للتصدي لكافة مشكلات وأزمات البلد. وشدد بيومي على ضرورة إرساء مرسي لمعالم الدولة المدنية في مصر القائمة على أسس المساواة والعدل والشورى والديمقراطية، مؤكدا أن أصول الدولة المدنية (مأخوذة عن الحضارة الإسلامية في دولة الأندلس). ولفت إلى أن الإسلام (أسس للدولة المدنية والليبرالية، فلا يوجد فى الإسلام دولة دينية كهنوتية، وإنما أسس الحكم في الإسلام على العدل والمساواة والشورى). وحذر من خطورة التدخل في شؤون الأزهر سواء من جانب الحكومة أو أي جهة، مطالبا الرئيس الجديد بدعم استقلال الأزهر تماما. وأوضح الدكتور عبد الفتاح الشيخ رئيس جامعة الأزهر الأسبق وعضو مجمع البحوث الإسلامية، أن (أول شيء مطلوب من الرئيس الجديد هو العدل ثم العدل ثم العدل، لأن ذلك هو طريق القضاء على الظلم، وعلى التمرد، والخروج على الحاكم). ودعا الشيخ الرئيس الجديد إلى المحافظة على أموال مصر، وترشيد الإنفاق للقضاء على الفقر، إضافة إلى أهمية اتخاذ قواعد الشريعة الإسلامية العامة أساسا لقرارته، وهي حفظ النفس والمال والعرض والدين). ونادى بأهمية جمع مرسي أناسا حوله (يخشون الله تعالى في دينهم ووطنهم ويتصفون بالإخلاص لدولتهم قبل رئيسهم، وأن يتشاور الرئيس معهم ولا ينفرد بالرأي ويرجح أي رأي فيه المصلحة، إضافة إلى وضع الأزهر في مكانته اللائقة به من كونه المرجعية الوحيدة والرئيسية في مصر والعالم الإسلامي). وقال الدكتور محمد الشحات الجندي عضو مجمع البحوث الإسلامية، (إن مرسى يعد رمز التغيير، وإن كان أداء الإخوان لم يكن مشجعا طيلة الفترة الماضية). وطالب الجندى مرسى (أن يعترف بأن الأزهر هو المرجعية النهائية في بيان الأحكام الشرعية، ولا يزحزح الأزهر عن مكانته في حمله لرسالة الإسلام، ودوره الوطني، ما يقتضي ألا ينحني الأزهر لأي فصيل أو تيار).