زعيم القاعدة اشترط الإفراج عن جهاديين اعتقلوا خلال حكم مبارك كضمان وعهد للتعامل تهم جديدة تضاف للرئيس المصري المعزول محمد مرسي لتدينه لكن هذه المرة تهم أخطر، كونها مرتبطة بتنظيم القاعدة، حيث تؤكد مصادر أمنية حصلت على مكالمات الرئيس مع أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة، طالبه فيها بدعم الإخوان وتمكينهم في مصر وتدريب الحرس الثوري للدفاع عن الرئيس الذي تنوي الإخوان تشكيله، كما طلب الظواهري كحسن نية إطلاق سراح كل المعتقلين المنتمين لتنظيمه. ذكرت مصادر أمنية مصرية، “إن اتصالات مسجلة بين الرئيس المعزول محمد مرسى، وأيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة، وهي بحوزتها اليوم، وتكشف العلاقة بين مؤسسة الرئاسة في عهد المعزول وتنظيم القاعدة، وجاء في هذه التسجيلات، أن الطرفين اتفقا على إصدار مرسى عفواً رئاسياً عن 20 إرهابياً، بينهم شخص ارتبط بالظواهري منذ الصغر، وآخر يدير تنظيم أنصار بيت المقدس من غزة، إضافة إلى فتح باب الجهاد في سوريا”، وأكدت المصادر حسب ما جاء في صحيفة الوطن المصرية، أن أول اتصال كان من مؤسسة الرئاسة بمحمد الظواهري، شقيق زعيم تنظيم القاعدة، بعد الإفراج عنه، أجراه رفاعة الطهطاوي، رئيس ديوان رئاسة الجمهورية في ذلك الوقت، الذي كان وسيطاً في الإفراج عنه، ثم اتصل المعزول نفسه به، بارك له على الإفراج، وأكد له أنه لم يعد ملاحقاً، وأنه أصدر تعليمات بعدم مراقبته أو تتبعه، وأنه سيلتقي به قريباً. وأكدت المصادر ذاتها أن مؤسسة الرئاسة لم تتوقف عند هذا الحد بل بقيت على تواصل دائم مع محمد الظواهري، وكان حلقة الوصل بين مؤسسة الرئاسة وشقيقه أيمن الظواهري، زعيم تنظيم القاعدة، ومن بين تلك الاتصالات كان اتصال مهما جرى بين مرسى وأيمن الظواهري، وذلك عقب توليه رئاسة الجمهورية بشهر، وذكرت المصادر أن مضمون تلك المكالمة كان مطالبة المعزول من الظواهري بدعم المجاهدين وضرورة مساندة تنظيم الإخوان للنجاح داخل مصر، وتلاه اتصال من الظواهري هنأه فيه بتوليه الحكم وطالبه بالحكم “بشرع الله لنقف بجوارك، من البداية ليس هناك ما يسمى بالديمقراطية، وتخلص من معارضيك”، وانتهت المكالمات باتفاق الطرفين على دعم تنظيم القاعدة للإخوان، وكانت طلبات الظواهري مقابل دعمه لحكم الإخوان، الإفراج عن جهاديين اعتقلوا خلال حكم مبارك، وإخراج كل الإسلاميين من السجون كضمان وعهد للتعامل، وللتأكيد على طي صفحة الماضي، ووعده مرسي بتسهيل عودته لمصر مرة أخرى. وأضافت الصحيفة أن مرسي عاتب الظواهري حين هاجم هذا الأخير وانتقد حكم الإخوان، وقال مرسي “إننا سنطبق الشريعة والشرعية بما يرضى الجماعة، ولكن نحن في مرحلة التمكين، ونحتاج إلى مساندة كل الأطراف، ولا يجوز أن نطبق من الآن نفس المنهج الإيراني أو حكم طالبان في مصر، لأنه من المستحيل تطبيقه الآن”، كما ذكرت أن مرسي اتصل بالظواهري قبل زيارته لباكستان واتصل به أيضا وهو في باكستان، ووعد مرسي في تلك المكالمة بعدم ملاحقة الأمن للجماعات في سيناء، وأنه لن يسمح للجيش بالعمل، فيما طالب الظواهري من مرسي فتح معسكرات في سيناء لدعم الجهاديين وتدريبهم، وكان رد مرسي أن تنظيم الإخوان ينوى تشكيل حرس ثوري للدفاع عن الرئيس ضد أي محاولة للانقلاب على الشرعية، وطلب من الظواهري دعم الجماعات وتدريبها، ووعد بعمل معسكرات للتدريب في سيناء مع توفير كل التسهيلات لهم فى سيناء والمنطقة الغربية بالقرب من الحدود الليبية، وأنه جهز 4 معسكرات تدريب للجماعات الجهادية على الحدود مع ليبيا. مرسي التقى وسيطا من الظواهري في محل إقامته بباكستان وأثناء عودته أطلق سراح 20 شخصا كانوا في عداد الإرهابيين، ومسجلين خطراً على الأمن القومي، كما تفيد تلك المكالمات بأن مرسي اتصل بمحمد الظواهري شقيق أيمن الظواهري يوم 30 جوان وطلب منه “دعم الجماعات الجهادية للرئاسة لقمع المعارضة بأي شكل”.