ينتمي الحوثيون الى طائفة الزيدية التي تمثل إحدى طوائف الشيعة، وهُم يشكلون أقلية في اليمن على اعتبار أن أغلبية السكان من السنة. الزيدية فرقة اسلامية تبلورت في أوائل العصر العباسي، وسميت بالزيدية نسبة الى الإمام زيد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب كرم الله وجهه، ويعتبر المذهب الزيدي أقرب مذاهب الشيعة الى السنة وأكثر انفتاحا على المذاهب الاسلامية. وهو يختلف في العديد من النواحي عن مذهي الإثني عشرية الشيعي السائد في إيران وعن الشيعة الجعفرية الموجودين في العراق والكويت والسعودية والبحرين ولبنان. لقد تمكن الزيديون من تأسيس دولة لهم في اليمن وهي المعروفة بدولة الأئمة الزيدية التي حكمت لقرابة 11 قرنا الى أن أقصيت وأبعدت عن الحكم بعد اقرار الجمهورية اليمنية عام 1962 إثر انقلاب عسكري. يشكل الزيديون 30 ٪ من سكان اليمن، وينحدر منهم الحوثيون الذين يقاتلون النظام اليمني هذه الأيام، ويعيش أغلبهم في الشمال الغربي على الحدود مع السعودية وهي مناطق جبلية وعرة، ساعدت على عزلهم من جهة وعلى منحهم الحصانة والحماية خلال حربهم ضد النظام من جهة ثانية. ويجمع المذهب الزيدي كالشيعي عموما على حصر الإمامة في الذرية العلوية، ويعتقد بأن الإمامة تجوز في كل حر، تقيي عادل عالم من آل الرسول صلى الله عليه وآله وسلم من أولاد فاطمة الحسب والحسين. وهو يرى بجواز الإمامة في أولاد الحسن والحسين وليس حصرها بأولاد الحسين فقط كما يعتقد بعض الشيعة. كما يجمع هذا المذهب الشيعي على أن عليّا رضي الله عنه كان أولى بالخلافة بل ويؤكد المذهب بأن النبي أوصى بالخلافة لعلي بن أبي طالب، لكن الصحابة رضوان الله عليهم أبو بكر وعمر وعثمان قُدّموا عليه. ومن أفكار المذهب الزيدي كما الشيعي أن تكتفي بإمام يعلّمها كل ما تحتاج إليه، كما أن الأمة حسب نفس المذهب لا تحتاج الى دراسة القرآن والسنة، بل إن السنة -حسبه- لا يمكن الاعتماد عليها لأنها جاءت من طرف صحابة الرسول، ولا يتردد الزيديون في مهاجمة الصحيحين والسنن ويتهمون الإمام البخاري ومسلم بالتقوّل والكذب على الرسول إرضاء للسلاطين. كما أنهم اتهموا بعض الصحابة بالفُسق وكفروا بعضهم كمعاوية وعمرو بن العاص وبعيدا عن أفكار المذهب الزيدي والشيعي عموما، فالمؤكد أنه مثلما هنالك نقاط تقاطع بين الزيدية والاثنّي عشرية( وهو المذهب السائد في إيران) هناك الكثير من نقاط الاختلاف، ليظهر المذهب الزيدي أكثر ليونة وقربا من المذهب السنّي، خاصة وهو يخالف الإثنّي عشرية في اشتراطها الخروج بالسيف لصحة الإمامة.