أظهرت معركة الإطاحة بنظام الأسد، أن هنالك لاعبين أساسيين رجحوا الكفة لصالح المعارضة منذ دخولهم خط المواجهة، ونقصد بهم "الجماعات ذات التوجه السلفي الجهادي"، كما هو الحال مع جبهة النصرة، كتائب أحرار الشام، وصقور الشام، وكتائب مجلس شورى المجاهدين وحركة فجر الإسلام. تشير المعلومات المتوفرة حول الكتائب السابقة ذات الخلفية الإسلامية الجهادية، أن غالبية عناصرها أشخاص خرجوا للعراق وقت حربها، وبعضهم كان في سجن صيدنايا العسكري في سوريا، وأن لهم خبرة صنع الأسلحة وحرب العصابات كبيرة، خصوصا صنع الأفخاخ والمتفجرات السلكية واللاسلكية، طبعا مع مساعدة بعض "المتطوعين الجهاديين" من بعض الدول العربية والغربية. ويزداد التخوف الدولي من هذه الجبهة التي تنتمي للطائفة السنية التي تعتبر المكون الأكبر للتركيبة الديمغرافية لسكان سوريا، باعتبار أنها تضم عناصر إسلامية متشددة، لها أجندات شخصية تسعى لتطبيقها بدخول سوريا مرحلتها الانتقالية بعد التخلص من نظام بشار الأسد. ودفع الأمر الولاياتالمتحدةالأمريكية، إلى تكثيف جهودها ليتم تصنيف هذه المنظمة ضمن قوائم الجماعات الإرهابية، وينفي المراسل الحربي ياسين بن الربيع، الذي عايش الكتائب المسلحة السورية صفة الإرهاب عليهم، ويقول للشروق "وصف أمريكا لهم بالإرهاب أمر خاطئ وفيه تحامل، فهم لا علاقة لهم بالإرهاب بتاتا، ولكن أمريكا ترمي بتهمة الإرهاب كل من يريد تطبيق الشريعة الإسلامية"، ويذكر بن الربيع انه سأل مقاتلي الكتائب إن كانوا إرهابيين و مرتبطين بتنظيم القاعدة فابلغوه "لسنا إرهابيين هدفنا محاربة نظام الأسد وتطبيق الشريعة الإسلامية فقط". واستغل النظام السوري الفكر الجهادي كذلك للكتائب ليصفها بالإرهاب، ويذكر المراقبون أن غرض النظام من هذه الخطوة بتعظيم حجمهم هو "إلا فبركة إعلامية" من قبل النظام السوري الذي يريد تقديم المشهد السوري للعالم على أنه حرب ضد الإرهاب. وتزداد المخاوف من الكتائب المقاتلة الجهادية، عندما يتعلق الموضوع بالأسلحة الكيماوية السورية، والمخاوف من وقوعها بأيدي أشخاص من الممكن أن يستخدموها لاحقا في فرض أجنداتهم الخاصة.