منذ عودة الشيخ محمد فركوس من المدينةالمنورة واستقراره في الجزائر سنة 1982، أين اعتمد رسميا للتدريس بجامعة العلوم الإسلامية بالعاصمة، بدأ نشاطه الدعوي في المساجد، اين توافد عليه طلبة العلم من كل مكان فأتمَّ شرح كتاب "روضة الناظر" لابن قدامة المقدسي رحمه الله في علم الأصول بمسجد "الهداية الإسلامية" ببلدية القبة بالعاصمة، كما أتمَّ شرح كتاب "مبادئ الأصول" لابن باديس بمسجد "الفتح" بباب الوادي، وقدم دروسا حوال "القواعد الفقهية" بمسجد "أحمد حفيظ" ببلكور بالعاصمة، كما أقام مجالس علميةً متنوِّعةً في مساجد أخرى أجاب فيها عن عِدَّة أسئلةٍ في مختلف العلوم حيث جُمعت له في أشرطةٍ وأقراصٍ سمعية، تزايد النشاط الدعوي للشيخ محمد فركوس في الجامعة ومختلف مساجد العاصمة جعل منه مصدر تأثير منقطع النظير وسط الطلبة والشباب لدرجة أن المساجد كانت لا تتسع لدروسه التي كان يحضرها الآلاف، خاصة وأن الجزائر كانت تعيش مرحلة "الصحوة الإسلامية"، ومع تردي الأوضاع الأمنية في الجزائر وظهور الجماعات الإرهابية التي كانت تعتمد على المساجد في تجنيد أتباعها، منعت وزارة الشؤون الدينية الشيخ فركوس من التدريس في المساجد مخافة أن تسوق دروسه على النحو السلبي، وتوظف فتاواه في تشجيع التطرف الذي كان مقترنا بالإرهاب، الشيخ فركوس تفهم هذا الأمر، وكان حذرا في تعامله مع الطلبة، وكان يتحاشى التجمعات في المساجد، اين انتقل الشيخ إلى إقامة حلقاتٍ على رصيف الشارع المجاور لبيته، ثمَّ إلى المكتبة المجاورة لمسجد "الهداية الإسلامية" بالقبَّة، اين يلتقي بالطلبة كلَّ يومٍ بعد صلاتَيِ الفجر والعصر، ثمَّ ما لبث أن انتشرت الإنترنت في ربوع الجزائر، فكان له قصب السبق في إنشاء موقعه الدعوي الرسمي على هذه الشبكة، ثمَّ عمل على تأسيس مجلَّة "الإحياء" الصادرة من موقعه الرسمي توسيعًا لمجال دعوته وتعميمًا للخير والنفع، ورغم تحسن الأوضاع الأمنية في البلاد لازال الشيخ محمد فركوس ممنوعا من التدريس في المساجد وهذا لعدة أسباب منها عدم تطابق بعض فتاويه مع المذهب المالكي الذي يعتبر المذهب الذي تنتهجه وزارة الشؤون الدينية في الفتوى والخطاب المسجدي، وفي حديثنا مع طلبة الشيخ فركوس، أكدوا أنه يحترم قرار السلطات بمنعه من النشاط المسجدي، ويتجنب أي تجمع حوله في المسجد، وأكدوا أن الشيخ فركوس يعتمد على الدعوة النوعية التي تعتمد على الإخلاص ولو قل أتباعها، ويتجنب الخطابات الجماهرية والأضواء، وهو سر نجاحه وتأثيره في الناس، فالشيخ فركوس يحترم ويكلم كل شخص يقصده ولو تطلب الأمر ساعات وهذا ما جعله يدخل قلوب الناس، وطالب تلاميذ الشيخ من وزارة الشؤون الدينية والأوقاف إعادة النظر في قرارها في منع الشيخ من المساجد، لأن الأمور اختلفت عما كانت في التسعينات،، ومن حق الجزائريين الاستفادة من علمائهم وشيوخهم بدل الاعتماد على شيوخ المشرق العربي الذين يسوقون فتاوى مسمومة للجزائريين ساهمت في قتل الآلاف من الأبرياء، على عكس الشيخ فركوس الذي لم تتلطخ فتاويه بدماء الجزائريين في وقت كان فيها الكثير من الأئمة يتسابقون لإصدار الفتاوى بصدد الشهرة ولو كان ذلك على حساب حياة الأبرياء.