أكدت مصادر عسكرية إصدار مذكرات توقيف بحق المرشد العالم للإخوان المسلمين في مصر، محمد بديع، ومساعده خيرت الشاطر بتهمة التحريض على قتل المتظاهرين وفقا لما ذكرت رويترز الخميس. وقالت مصادر أمنية إن قوات الأمن المصرية أمرت باعتقال 300 عضو في تنظيم الإخوان الذي ينتمي إليه الرئيس محمد مرسي، في وقت ألمح فيه مسؤول عسكري إلى امكانية توجيه اتهام لمرسي الذي قالت القوات المسلحة إنها تتحفظ عليه "وقائيا". وأبلغ جمال حشمت رويترز "لا يوجد أي اتجاه على الإطلاق نحو العنف، الإخوان لم ينشأوا على العنف، قضيتهم قضية سلمية في الدفاع عن حقوقهم وهي أقوى من انقلاب عسكري."، وقال حشمت -وهو عضو بارز بحزب الحرية والعدالة الذراع السياسي لجماعة الإخوان المسلمين-إن ما فعله الجيش يرقى إلى أن يكون "انقلابا مخزيا". من جهته، طمأن المتحدث الرسمي باسم القوات المسلحة العقيد أحمد محمد علي الشباب المنتمي إلى التيار الديني، قائلا: "نؤكد أن الإجراءات التي اتخذتها القيادة العامة للقوات المسلحة بالتوافق مع عدد من الرموز الدينية والوطنية والشباب لم تكن موجهة على الإطلاق ضدكم ولم تكن تقليلا من دوركم ولا مكانتكم في المسيرة الوطنية المصرية."، مؤكدا أن القوات المسلحة "لن تسمح بإهانة أو استفزاز أو الاعتداء على المنتمين للتيار الإسلامي وأنهم كجميع أبناء مصر لهم ذات القدر من الكرامة والاحترام والحب في قلب القوات المسلحة وكل المصريين."، إلى ذلك، طالبت شخصيات مصرية في تصريحات لوسائل الاعلام المصرية بمحاكمة الرئيس السابق محمد مرسي، باعتباره المتسبب في الفوضى التي اندلعت في البلاد، وأدت إلى مقتل العشرات وجرح المئات. وقال محمود بدر، المنسق العام لحركة "تمرد"، إن "الخطاب الأخير لمحمد مرسي عبارة عن خطاب تحريضي يجب أن يحاكم عليه"، مؤكدا أن "مظاهرات 30 يونيو بمثابة انقلاب شعبي على رئيس دكتاتوري مستبد، وليس انقلابا عسكريا"، وكان مرسي قد صرح حسب ما أورد الموقع الرسمي للإخوان المسلمين، بأن "الإجراءات التي أعلنتها القيادة العامة للقوات المسلحة تمثل انقلابًا عسكريًّا مكتمل الأركان وهو مرفوض جملةً وتفصيلاً"، وفي وقت سابق أعلن مسؤول كبير في جماعة الإخوان لوكالة فرانس برس نقل مرسي بمفرده إلى وزارة الدفاع. فيما أكد مسؤول في وزارة الداخلية لوكالة فرانس برس أن البحث جار عن "أعضاء في الإخوان المسلمين" بعد صدور مذكرات توقيف بحقهم ولكنه لم يعط تفاصيل إضافية.