المجلس يعتبر ان البرامج المدرسية تحوي اختلالات وسلبيات في المادة طالب المجلس الإسلامي الأعلى، ب«إصلاحات عاجلة" في تدريس مادة التربية الإسلامية في جميع الأطوار التعليمية، مؤكدا أن البرامج المدرسية تتضمن عدة سلبيات ونقائص في تدريس هذه المادة مما يتطلب إصلاحات عاجلة. وأوضح المجلس الإسلامي الأعلى من خلال بيان له عقب الدورة العادية الخامسة والخمسين للمجلس أنه على السلطات إعادة النظر في وضعية مادة التربية الإسلامية في البرامج المدرسية وتصحيح السلبيات والنقائص المتعلقة بتدريس هذه المادة، معتبرا أن هذا الأمر "يتطلب إصلاحات عاجلة. كما ذكر بأن المجلس سبق له أن "نشر كراسة من كراساته بعد ثلاثة أيام تنسيقية بمبادرة منه وبمشاركة وزارة الشؤون الدينية والأوقاف ووزارة التربية الوطنية وركز أساسا على التربية الإسلامية التي تعتبر أساس بناء الشخصية والهوية وذلك من مرحلة التعليم الابتدائي إلى مرحلة التعليم الثانوي. واقترح المجلس في هذا الشأن "أن تتولى رئاسة الجمهورية التنسيق بين هذه المؤسسات أو تعين لجنة مصغرة دائمة تبحث هذا الموضوع دوريا وتناقش فيها الاقتراحات والإنجازات واقترح المجلس أيضا الاهتمام بالعلوم الإنسانية والاجتماعية التي هي الأخرى تفيد وتساهم في تطور المجتمع بفضل ترقية الفكر وتجديده"، مركزا على ضرورة رفع مستوى المكونين بتخصيص فترات تربصية لهم في معاهد تكوين المعلمين لمدة قصيرة ضمن برنامج تكوين متواصل. من جهة أخرى، سجل المجلس بعض "المواقف الغربية" تندرج ضمن آخر ما أتى به قرار البرلمان الأوروبي بتاريخ الفاتح أكتوبر الذي "طالب الدول الأوروبية بأخذ التدابير لإلغاء الختان، متناسيا أنه من الشعائر الإسلامية وضاربا عرض الحائط المعاهدات الدولية والوثائق الأممية التي تنص على احترام الديانات وعقيدة الشعوب، معتبرا إياه "تراجعا عن قوانين الأممالمتحدة". كما اعتبر المجلس أن "البرلمان الأوروبي ما كان ليأخذ مثل هذا القرار لو عاملت الدول الإسلامية البلدان الأوروبية بالمثل كلما تجرأت هذه البلدان على الاعتداء على الإسلام"، متسائلا في نفس الوقت عن موقف الدول الأوروبية لو تدخلت الدول الإسلامية في الطقوس المسيحية وبادرت إلى تغييرها.