انتقد المجلس الاسلامي الأعلى طريقة تدريس مادة التربية الإسلامية في مختلف أطوار التعليم، وطالب بإصلاحات عاجلة نظرا للنقائص والسلبيات المتعلقة بتدريسها ذات الصلة بوضعية هذه المادة في البرامج المدرسية، الأمر الذي دفع إلى اقتراح تولي رئاسة الجمهورية التنسيق بين وزارة التربية الوطنية ووزارة الشؤون الدينية، أوتعيين لجنة مصغرة دائمة تبحث في هذا الموضوع. طالب المجلس الإسلامي الأعلى بتطبيق "إصلاحات عاجلة" في تدريس مادة التربية الاسلامية في جميع أطوار التعليم، حسب بيان الدورة العادية ال 55 للمجلس، وذكر السلطات العليا بوضعية مادة التربية الإسلامية في البرامج المدرسية والسلبيات والنقائص المتعلقة بتدريس هذه المادة. وأضاف بيان المجلس أنه نشر كراسة من كراساته بعد ثلاثة أيام تنسيقية بمشاركة وزارة الشؤون الدينية والأوقاف ووزارة التربية الوطنية، وركز فيها على التربية الإسلامية التي تعتبر أساس بناء الشخصية والهوية، وذلك من مرحلة التعليم الابتدائي إلى مرحلة التعليم الثانوي، واقترح المجلس في هذا الشأن أن تتولى رئاسة الجمهورية التنسيق بين هذه المؤسسات أوتعيين لجنة مصغرة دائمة تبحث هذا الموضوع دوريا وتناقش فيها الاقتراحات والإنجازات". إلى جانب ذلك، دعا المجلس إلى الاهتمام بالعلوم الإنسانية والإجتماعية التي تساهم في تطور المجتمع بفضل ترقية الفكر وتجديده، مشددا على ضرورة رفع مستوى المكونين بتخصيص فترات تربصية لهم في معاهد تكوين المعلمين لمدة قصيرة ضمن برنامج تكوين متواصل. من جهة أخرى سجل المجلس بعض "المواقف الغربية" تندرج ضمن آخر ما أتى به قرار البرلمان الأوروبي بتاريخ الفاتح أكتوبر، الذي "طالب الدول الأوروبية بأخذ التدابير لإلغاء الختان متناسيا أنه من الشعائر الإسلامية، وضاربا عرض الحائط المعاهدات الدولية والوثائق الأممية التي تنص على احترام الديانات وعقيدة الشعوب"، معتبرا إياه "تراجعا عن قوانين الأممالمتحدة". كما اعتبر المجلس أن "البرلمان الأوروبي ما كان ليأخذ مثل هذا القرار لوعاملت الدول الإسلامية البلدان الأوروبية بالمثل كلما تجرأت هذه البلدان على الإعتداء على الإسلام"، متسائلا في نفس الوقت عن موقف الدول الأوروبية في حال تدخل الدول الإسلامية في الطقوس المسيحية.