منذ بداية مقدم فكرجماعة التوحيد والجهاد بإمرة الزرقاوي إلى العراق وثمة اختلافات فكرية وتباينات منهجية بين هذا الفكر وفكر القاعدة الذي أسسه أسامة بن لادن على مستويات عدة متعلقة بتفاصيل العقيدة والمنهج والإستراتيجية يجعل جماعة الزرقاوي على يمين القاعدة من زاوية الغلو والتطرف السياسي لمواقفها غير أن وجود الاحتلال الأمريكي في العراق لم يكن يسمح ببروز هذه الاختلافات على الساحة أو مناقشتها علنا لاتفاق التنظيمين في الخط العام للفكر الجهادي. ومع اعتراض القاعدة على استراتيجية تنظيم التوحيد والجهاد استهداف الشيعة في العراق كخيار استراتيجي باعتبارهم مساندين للمحتل محاربين لأهل السنة (وهذا كان أول خلاف بين التوحيد والجهاد والعشائر والفصائل السنية الأخرى)، لأن المليشيات الشيعية كانت ترد في عمق المناطق السنية. كانت القاعدة تنصح بإنكارها لذلك سرا ولم تنزع يدها من انتماء تنظيم التوحيد والجهاد الى رايتها العامة ونظرا للاختلاف الكبير بين الفكرين لم يقف الأمر عند الخلاف حول استهداف عموم الشيعة في العراق ولكنه انتقل إلى تسويغ الدخول في صدام مع القوى والفصائل الإسلامية الأخرى . وحتى بعد مقتل الزرقاوي في 2006 لم يؤد ذلك إلى مراجعة التنظيم لأفكاره ، إذ التزمت أولا القيادات الجديدة بالمنهج نفسه وبقيت أمينة على ميراث الزرقاوي . وقطع الظواهري الشك باليقين حينما أعلن في بيان موثق عدم انتماء الدولة الإسلامية في العراق والشام إلى تنظيم القاعدة وبذلك أصبح ولأول مرة وبصورة رسمية رأسان لفكر جهادي عالمي واحد الدولة الإسلامية (الخلافة الإسلامية) وتنظيم القاعدة والذي تمثله في سوريا (جبهة النصرة) فما هي الاختلافات بين التنظيمين ؟ جبهة النصرة أو ( الدولة الإسلامية في الشام) هو فصيل منبثق من عباءة التوحيد والجهاد التي كانت تقاتل في العراق وحين بدا الصراع أرسل التنظيم ابا محمد الجولاني إلى سوريا فتوسع نشاط التنظيم وزادت أعداده من "المهاجرين" العرب وجاءت رسائلهم تحمل معنى الجهاد فوجدت الفارق بين منهج الشيخ عطية الله الليبي بين منهج جماعة الدولة وما بين منهج تنظيم القاعدة و تيقن المحللون أن الناس في العراق ظُلموا لأن من تسلط عليهم لا يحمل منهج وفكر الاسلام وظَلموا لأنهم حملوا كثيرا على القاعدة وهم معذورن، لأنهم يعتقدون أن داعش ترفع لواء الاسلالم فتنظيم الدولة الإسلامية يرى أنه مبايعة المقاتلين لإمامه هو بيعة كبرى وهي واجبة على كل مسلم، لا يسع أحد التنصل منها أو الخروج عليها . وعلى ذلك فهم يرون قتل الفصائل والجنود الرافضين لتلك البيعة أو الخارجين عليها بينما يراه تنظيم القاعدة وجبهة النصرة أن بيعة المقاتلين لإمامهم في الحرب من جنس بيعات الناس وعهودهم على الطاعات؛ فلا تجب إلا على من دخل فيها برضاه ة، فتجب عليه بالعهد الذي ألزم به نفسه . وبعد مقتل أبي عمر البغدادي في أبريل سنة 2010 وتولي أبو بكر البغدادي بعده في نفس الشهر أكد الأخير على ولائه لزعيم القاعدة أسامة بن لادن وأعلن بيعته له، كما استعاد نشاط القاعدة بقوة، واستطاع تنفيذ استراتيجية الثانية في استعادة الدولة والقضاء على الصحوات وتنشيط عملياتها والتمدد في سوريا وفي 12 ماي الماضي 2014 قطعت داعش أو تنظيم الدولة الإسلامية في العراق والشام علاقتها مع القاعدة بل طالبت تنظيم القاعدة وأميرها الظواهري ببيعتها كإمارة ودولة وتوالت انتقادات قيادات القاعدة لتنظيم الدولة بعد مقتل أبي خالد السوري أواخر فبراير سنة 2014، الذي اتهمت فيه داعش ، رغم تبرؤها منه ، واتسعت الهوة بينها وبين القيادة المركزية للقاعدة وغيرهم. وصار تنظيم داعش العنيف الأقوى سوريا وعراقيا وأقام دولة لم تنجح القاعدة في إقامتها. كانت عودة داعش القوية منذ العام 2013 بعد فض قوات المالكي الأمنية اعتصام الأنبار بالقوة في الأول من يناير م 2013 واستمرار سياسات القمع و التهميش والتمييز الطائفي التي يتبعها المالكي منذ الجلاء الأميركي في ديسمبر سنة 2011 وغدت العراق أكثر بلد في العالم يتعرض لعمليات إرهابية وعنيفة في العالم قتل المالكي الصحوات وأحيا داعش التي يبدو أنها قد تعاطفت معها عناصر من العشائر واستمرت معارك الأنبار و الفلوجة بين الجيش الذي توالت أخطاؤه في استهداف مدنيين ومستشفيات أبرياء، وعناصر داعش ، ووقعت عشائر الأنبار بين مطرقتها وسندان سياسات المالكي وقواته التي لا تحسن إدارة المعارك. و هنا يقف المحللون ليؤكدوا أن داعش تستثمر في البلدان التي تضعف فيها الدولة و يستبد حكامها وفي 11 جوان سقطت الموصل ثاني أكبر المدن العراقية وبقية مدن محافظة نينوى. وقبلها سقطت مناطق واسعة من محافظة الأنبار ومحافظة صلاح الدين على الطريق. كل ذلك تم في ظرف زمني قياسي فاجأ العالم وأخافه. وصارت داعش الإرهابية المنسلخة عن القاعدة تحقق أكبر انتصارات للتنظيم منذ هجمات الحادي عشر من سبتمبر 2001 على نيويورك وواشنطن.