هاجم الشيخ محمد بن موسى بشدة الجماعات الإرهابية في الجزائر معتبرا إياها جاهلة لتعاليم الدين ومبادئ الدين السمحة، وأرجع سبب الفتنة الكبيرة التي ظهرت بالجزائر إلى جهل الجماعات المسلحة التي تدعي احتكامها إلى الله بالإسلام وما يدعو إليه، محذرا من خطورة المواصلة في الاعتقاد بكفر رؤساء الدول ومعهم شعوبهم وتحميلهم مسؤولية التقهقر الذي لحق بالأمة الإسلامية. ودعا فضيلة الشيخ ''بن موسى'' خلال حصة '' فتاوى القرآن'' بقناة الفجر أول أمس إلى التدفق في الدين الإسلامي والغوص في أحكامه للتمييز بين الحق والباطل للكف عن تكفير عباد الله دون وجه حق، مشيرا إلى أن الجزائر ومعها مصر والسعودية لا تزال تعيش نتائج الفتنة التي سببتها جماعات مسلحة أعطت لنفسها حق تكفير الناس وصدقت بما اعتقدت فعاثت فسادا في الأرض وأساءت إلى الدين أيما إساءة، بل ولا تزال تزعم بمنهجها معتبرة عناصرها أولياء الله في الأرض، مشددا على إلزامية التمعن في محتوى القرآن الكريم وعدم المواصلة في إصدار أحكام مغالطة في حق رؤساء البلاد وشعبها مع التشديد على ترك مهمة تكفير عباد الله إلى العلماء وأهل العقد والحل. وأكد أن الذين يأتون أفعالا معارضة للدين لا يطبق عليهم حكم الكفر لأن كفرهم طارئ ومرتبط بظروف معينة، شأنهم في ذلك شان الرؤساء الذين يعتمدون قوانين غير مستمدة من القرآن الكريم تحت طائلة الضغط العسكري أو الاقتصادي، لأنهم لا يحكمون انطلاقا من رغبتهم ولا ينطبق حكم ضرورة الخروج عليهم. وحذر الشيخ من مغبة التعنت وعدم الرضوخ لمشيئة الله مشيرا إلى ضرورة العودة إلى تعاليم الإسلام الصحيحة والسعي إلى توقيف الحرب الدائرة بين المسلمين انطلاقا من جهل الفرق المتنازعة بفحوى القرآن الكريم، داعيا إلى الحرص على دماء عباد الله، ومطالبا بحقن دماء المسلمين بتطبيق أحكام الله الفعلية والتي قال إنها مذكورة في القرآن الكريم.