كشفت مراسلة رسمية لوزارة الشؤون الدينية والأوقاف، أن محمد عيسى بدأ في عملية استقصاء المدارس القرآنية وتحويلها إلى وزارة التربية الوطنية، حيث حملت المراسلة طلبًا لمديري الشؤون الدينية عبر الولايات لإحصاء المدارس القرآنية (التعليم التحضيري) لدمجهم في وزارة التربية. والسؤال الذي يطرحه الأولياء خصوصا "ما هو السر وراء هذا التحويل؟".