تواجه خزائن المخطوطات بولاية أدرار عدة مشاكل أهمها الخطر المتزايد الذي يداهم المخطوط بسبب سوء الحفظ ونقص الإمكانيات ورفض أصحاب خزائن المخطوطات إدخالها إلى المصحات لترميمها وهذا الفرض يعود إلى الاعتقاد السائد أن المخطوط لا ينبغي أن يخرج من خزانة العائلة. ورغم أن الدولة الجزائرية أنشأت مركزا استعجاليا لإسعاف المخطوط من التلف والضياع وهو المركز الوطني للمخطوطات والذي عمل منذ إنشائه على تنظيم أيام دراسية لتوعية من بحوزتهم المخطوط، إلا أن أيام الدراسة والتوعية لم تؤت ثمارها لحد الساعة بأدرار حيث 12 ألف مخطوط، قد تم فهرسة 7 آلاف منها وهي موزعة على 28 خزانة، وقد أكد أصحاب الخزائن ممن وضعوا ثقتهم بالمركز الوطني للمخطوطات بأدرار أن هذا الأخير قادر على حماية المخطوط بالولاية، لكن بشرط مشاركة أصحاب هذه الخزائن. وللتذكير فقد دعم المركز الوطني للمخطوطات بأدرار مؤخرا بثمانية ملايير سنتيم خصصت لتجهيز المركز بأحداث الوسائل التكنولوجية، كما بدأت بعض البوادر من خارج ولاية أدرار بتقديم مخطوطاتهم للمركز. وللملاحظة فإن العدد الكبير من هذه المخطوطات هي في مجال الدين بكل فروعه العلمية والأدب والتاريخ والفلك واللغة، أما النسبة المهددة من هذه المخطوطات فقدرت ب 45 وهوما أدى إلى دق ناقوس الخطر والدعوة إلى إسعاف هذه المخطوطات ونقلها إلى قسم المستعجلات بالمركز الوطني للمخطوات حتى لا تضيع مثلما ضاعت خزائن كثيرة ولم يبق لها أي أثر.