Les musulmans de l'Union européenne sont victimes de « discrimination au niveau de l'emploi, de l'éducation et du logement » ainsi que d'« islamophobie », selon le rapport de l'Observatoire européen des phénomènes racistes et xénophobes. « L'importance et la nature des actes de discrimination et d'islamophobie dont sont victimes les musulmans européens restent sous-documentées et sous-déclarées », note l'Observatoire. D'après la directrice de l'Observatoire, Beate Winkler, le rapport « souligne leur vulnérabilité à la discrimination et montre qu'il reste beaucoup à faire pour s'assurer que les musulmans européens bénéficient des mêmes droits à l'égalité de traitement et de la même qualité de vie que les autres Européens ». Le rapport souligne que ces discriminations peuvent pousser les musulmans d'Europe à se détourner de leur pays d'accueil. « Les musulmans, ainsi que d'autres groupes de migrants et groupes minoritaires sont souvent victimes de différentes formes de discrimination qui réduisent leurs possibilités d'emploi et affectent leur réussite scolaire. Cela peut entraîner une forme de désespoir et risque de saper le sentiment d'appartenance qu'ont les musulmans à l'Union européenne. » Le rapport recommande aux Etats membres d'améliorer la déclaration des incidents et « de mettre en œuvre des mesures visant à lutter plus efficacement contre la discrimination et le racisme », lesquels risquent « de saper le sentiment d'appartenance qu'ont les musulmans à l'UE ». Le rapport donne aussi des exemples d'actes « islamophobes », allant d'insultes à des agressions physiques et à des incendies volontaires.