Le chef d'Etat français qui a qualifié de «fable» la piste financière doit apporter toutes les explications utiles quant au rôle qu'il aurait joué dans cette affaire. Nicolas Sarkozy devra s'expliquer sur des soupçons de corruption et de financement politique en marge de la vente de sous-marins au Pakistan qui pourrait avoir indirectement provoqué l'attentat perpétré contre la direction des constructions navales à Karachi en 2002, faisant onze morts. Les familles des victimes et l'opposition politique veulent la déclassification des documents classés secret-défense et demandent à la justice d'auditionner comme témoin Sarkozy, Jacques Chirac et Dominique de Villepin. Sous pression, le chef d'Etat français qui a qualifié de « fable » la piste financière doit apporter toutes les explications utiles quant au rôle qu'il aurait joué dans cette affaire. Jean-Christophe Cambadélis, le député socialiste, pense que Sarkozy devra s'expliquer comme l'ensemble des acteurs impliqués. Selon Olivier Morice, l'avocat d'une partie des familles, l'Etat, craint l'avancée de ce dossier qui implique le président et ses proches. Michel Mercier, le ministre de la Justice, affirme que la justice fait « son travail », sans donner de détails. L'enquête qui a été focalisée sur Al-Qaïda s'est réorientée depuis vers l'hypothèse de représailles pakistanaises après l'arrêt du versement de commissions promises par Sarkozy dans le cadre du contrat sur la vente de sous-marins Agosta au Pakistan, signé en 1994 pour environ 850 millions d'euros. Les commissions qu'on versait aux intermédiaires facilitant la signature de ce type de contrats ont été interdites en 2000. Certains pensent qu'une rétrocommission illégale aurait été prélevée sur la commission au profit de responsables du pays ayant remporté le contrat et que les commissions françaises auraient été distribuées au Pakistan par Asif Ali Zardari, le président pakistanais. Selon des témoignages et rapports versés au dossier, les rétrocommissions pakistanaises auraient servi au financement de la campagne présidentielle de 1994 d'Edouard Balladur, Premier ministre d'alors, dont Nicolas Sarkozy était le porte-parole et ministre du Budget. Jacques Chirac a pris, en 1995, la décision d'arrêter le versement de commissions, asséchant ainsi d'éventuelles rentrées d'argent via des rétrocommissions au profit de son rival. Charles Million, l'ancien ministre de la Défense, confirme l'existence de rétrocommissions. Il confie au juge que des vérifications menées par les services secrets en 1995 ont établi l'existence de ces rétrocommissions.
