A partir du XVIIe siècle, on a commencé à remarquer que la muscade contient une forte teneur en huile essentielle. C'est J. F. Cartheuser qui a, le premier, distingué les deux types d'huiles de la muscade : la grossière (liquide) et la subtile (volatile). Il a réalisé une étude sur le beurre de muscade et son huile. «Ces substances, affirme-t-il, sont à la tête des médicaments aromatiques, d'un usage fréquent à cause de leurs vertus fortifiantes, stomachiques, carminatives, céphaliques, cardiaques et utérines.» Puis l'intérêt pour la muscade faiblit, mais il s'est trouvé des médecins pour continuer à la prescrire. Le docteur Leclerc, qui a été par ailleurs un spécialiste de la médecine arabe du Moyen-Age, la recommandait pour faciliter la digestion des aliments lourds, des viandes grasses et pour ceux qui, en consommant des féculents, ont des gaz intestinaux. Mais comme beaucoup de médecins, il recommandait de la consommer avec modération, les surdoses pouvant irriter fortement l'estomac. De plus, les fortes doses ont une action narcotique et l'on signale des intoxications qui rappellent les intoxications à l'alcool (délire, hallucinations, syncope, etc.). Aujourd'hui, on emploie surtout l'huile essentielle de muscade. On lui attribue des propriétés antiseptiques puissantes : elle est indiquée dans le cadre des maladies infectieuses, dans les fièvres, les rhumatismes aigus ou chroniques, la goutte, les foulures, les entorses, les courbatures, etc. L'huile est utilisée pure ou diluée en usage externe, en frictions et en massages.
