Les Turcs occupent Jijel et en font leur première capitale. Kheïreddine Barberousse la prend, en 1520, comme base pour ses expéditions contre Collo, Constantine et Alger. Au XVIe siècle, dans sa Description de l'Afrique, Léon l'Africain — en réalité un renégat d'origine arabo-musulmane — décrit Jijel, qu'il appelle Gegel (peut-être prononcé déjà Jejel), comme un château ancien construit par les Africains au bord de la mer, sur un haut rocher, à 70 miles de Bougie. Les hommes, écrit-il, travaillent la terre et pratiquent l'arboriculture, produisant notamment des noix et des figues exportées en grandes quantités vers Tunis. Cette prospérité va attiser la convoitise des Européens. En 1664, Colbert, le ministre du roi français Louis XIV, sous prétexte de lutter contre les corsaires, décide d'occuper de façon permanente un port du littoral algérien. Ses conseillers lui désignent Stora, sur la côte annabie, ou Béjaïa, mais il choisit Jijel, qu'il considérait plus importante. L'expédition, commandée par Gadagne, s'empare de la ville, mais l'héroïque résistance de la population parvient à chasser l'occupant. Jijel va acquérir la réputation d'une ville imprenable. Les Français reviendront après l'occupation d'Alger, mais ils ne réussiront à l'occuper qu'en 1842. Des insurrections éclatent, suivies de répressions. En 1851, des centaines de personnes sont enfumées dans les grottes où elles s'étaient réfugiées. La ville a été reconstruite après le tremblement de terre de 1856.
