L'islamisation du massif est également ancienne : la mosquée d'Illâman compte parmi les premières de la région. La pénétration coloniale a commencé dès le XIXe siècle, avec les explorateurs d'abord, qui allaient fournir des informations sur le pays et les populations, en exposant les ressources, en décrivant les coutumes et les mœurs, mais aussi en donnant le nombre d'habitants, les capacités de défense. Les populations de la région ont su pourtant défendre leur indépendance et la résistance a continué après l'occupation de certains points. Ainsi, le 5 mai 1917, les Touareg parviennent à remporter la victoire au combat d'Illâman contre une patrouille française. Mais l'Atakor, comme tout le reste du Sahara, allait finir par tomber sous la domination coloniale. Le nom d'Atakor, plus exactement Atakor n Ahaggar signifie nœud des cours d'eau de l'Ahaggar, est également désigné par d'autres noms par la population locale : Tehunt (grosse pierre), Takerkort n' Ahaggar (crâne de l'ahaggar), Ahadj (poils de la bosse du chameau). On lui donne également un nom d'origine arabe, Kudia (montagne).
