Malgré un contrat récemment renouvelé jusqu'au 30 juin 2020, le technicien portugais a choisi de rejoindre le FC Porto. Le club vient d'annoncer le départ de son entraîneur dans un communiqué : "Afin de préparer la saison 2017/2018 dans les meilleures conditions, le FC Nantes n'a pas eu d'autre choix que d'accepter cette décision inattendue de Sergio Conceiçao, en dépit du préjudice considérable qu'elle lui cause. Un accord vient d'être trouvé avec les représentants de Sergio Conceiçao, ses trois adjoints et le FC Porto. Le FC Nantes s'est fermement employé à préserver ses intérêts économiques et sportifs et tenait à en informer ses supporters", peut-on lire tel que le rapporte Maxifoot.