La Cour des comptes a préconisé l'évaluation de l'impact des incitations fiscales et les risques en découlant, maintenant qu'elles ont atteint de hauts niveaux dépassant les 886 milliards de dinars. Dans son rapport d'évaluation sur l'avant-projet de loi portant Règlement budgétaire de l'exercice 2016, la Cour a recommandé aux administrations fiscale et douanière "la mise en place de procédures claires permettant le suivi des avantages fiscaux, dans toutes leurs étapes, à travers l'appréciation de leur coût estimatif et l'évaluation de l'impact des incitations accordées et des risques en découlant et leur incidence sur l'efficacité du dispositif fiscal". Pour cette instance, la dépense fiscale de l'Etat a contribué à la faiblesse des recettes provenant de certains impôts en l'absence de l'évaluation de leur impact sur l'économie et de la valeur ajoutée apportée par ces mesures incitatives. En 2016, le volume de la dépense fiscale s'est élevé à 886,325 milliards de dinars, selon les chiffres avancés par la Cour, alors que le projet de loi portant Règlement budgétaire 2016 l'évalue à 386,69 milliards de dinars soit un écart de 499,63 milliards de dinars. Par ailleurs, la Cours des comptes a constaté que les recettes fiscales continuent à être dominées par les recettes recouvrées via le prélèvement à la source et le système de paiement automatique, soulignant que l'impôt sur le revenu général (IRG) prélevé sur les salaires assure à lui seul 635,137 milliards de dinars. Parallèlement, d'autres comme l'impôt sur le bénéfice des sociétés (IBS) et l'impôt sur le patrimoine enregistrent un recouvrement "insuffisant" et ce, au détriment du principe d'égalité devant l'impôt en raison des difficultés que rencontrent les services fiscaux quant à la détermination du produit soumis à l'impôt, le manque de statistiques périodiques et l'intensification des phénomènes d'évasion et de fraude fiscales. En dépit des efforts visant l'assainissement des dossiers des contribuables pour le recouvrement des dettes fiscales, "la situation demeurée non régularisée, s'est aggravée en présence d'un grand nombre de doléances, et la hausse des réductions accordées par l'administration fiscale (..). A cela s'ajoute l'inefficacité des mesures de recouvrement, en ce sens que les mesures de fermeture temporaire, de saisie et vente ne représentent que 0,28% du nombre global des poursuites engagées par les services du contentieux, ajoute le rapport. A ce propos, la Cour des comptes recommande aux Administrations fiscale et douanière l'activation des mécanismes de contrôle à travers l'élaboration d'une carte de risques pour recenser le nombre des contribuables évadés fiscaux et le volume de leurs activités et lieux d'exercice, outre la nécessité d'améliorer les conditions de recouvrement des recettes ordinaires, notamment à travers la consolidation des procédures de recouvrement amiable, le suivi et l'assainissement des restes à recouvrer et le renforcement du recouvrement obligatoire à l'égard des défaillants. Dans la perspective d'améliorer les recettes ordinaires du budget, la Cour des comptes a recommandé aux services de l'Administration fiscale d'accorder un plus grand intérêt au recensement fiscal annuel des contribuables, des activités et des patrimoines, outre l'accélération de la mise en place de mécanismes d'analyse et de contrôle de la gestion et de la rentabilité de ses services, à travers notamment des indicateurs d'efficacité, tel que prévu dans les textes de loi les régissant. Ces mêmes services sont appelés également à accélérer la cristallisation d'un système d'information fiscale qui "accuse le retard de plusieurs années", et à veiller à son adaptation aux fondements de la comptabilité générale pour faciliter l'obtention d'indicateurs efficients des services fiscaux et l'évaluation périodique de leur performance.