رغم أن شيخ الأزهر أحمد الطيب وهو أكبر مرجعية دينية بمصر كان في طليعة الداعمين للانقلاب العسكري، فإن العديد من المهتمين عبروا عن قلقهم على مستقبل النشاط الدعوي في البلاد. ويعزز هذا القلقَ إغلاقُ العسكر ل 15 قناة إسلامية وإفتاء بعض رجال الدين الموالين للسلطة بقتل واجتثاث معارضي الانقلاب، ووصفهم بالخوارج. وكان مفتي مصر السابق علي جمعة شن هجوما لاذعا على معارضي الانقلاب ودعا القوات العسكرية للتصدي لهم، بينما ظهر محافظ بورسعيد اللواء سماح قنديل مؤخرا في فيديو مسرب يهدد أئمة المساجد بالضرب وإنزال أشد العقاب بهم. ويقول المتحدث باسم الجبهة السلفية خالد سعيد إنه لا يوجد مستقبل للنشاط الدعوي في مصر، في حال استمر الانقلاب العسكري. ويضيف أن (تهديدات) محافظ بورسعيد للأئمة استمرار لما سماه مسلسل إهانة الدعاة، مشيرا إلى حصار بعض المساجد وقتل آلاف المواطنين وإغلاق عشرات القنوات الدينية. وحسب تقديره، فإن الوضع مرشح لمزيد من الخطورة، لأن مصر يحكمها مثلث علماني دكتاتوري صليبي، حسب وصفه. وشدد سعيد على أن النظام الانقلابي يتابع ما سماه نهج مبارك في تدجين طائفة كبيرة من العلماء والقضاة وموظفي الدولة، لشرعنة قمعه للشعب. من جانبه، أكد أستاذ مقاصد الشريعة الإسلامية الدكتور وصفي عاشور أبو زيد أن العلماء يجب أن ينطلقوا من معايير الشرع وأنه لا يجوز لهم النفاق للحكام ولا للجماهير. وأضاف أن قائد الانقلاب الفريق عبد الفتاح السيسي استخدم بعض رجال الدين مثل شيخ الأزهر وبابا الكنيسة وممثلي حزب النور السلفي لتشريع الانقلاب، ولم يسمح قط لأي عالم بمخالفته أو انتقاده نظامه، على حد قوله. وشدد على أن مؤسسة الأزهر جزء من النظام السياسي في الدولة، ولم تشهد استقلالا منذ ثورة 23 جويلية 1952 سوى في حقبة الرئيس المعزول محمد مرسي. وأوضح أن الخطوة الرئيسية لإعادة الاستقلال لمؤسسة الأزهر هي مواجهة (الانقلاب العسكري الدموي وكسره)، مضيفا أن مصر لن تشهد ازدهارا ولا حرية في ظل نظام قمعي مستبد.. لكن المؤسسات الدينية الرسمية تنفي حصول أي مضايقات للنشاط الدعوي، وترى أن ما يثيره معارضو الانقلاب في هذا الإطار مجرد أكاذيب. وكان وكيل وزارة أوقاف بورسعيد الشيخ زكريا الخطيب نفى صحة الفيديو المنسوب للمحافظ، وقال إنه مفبرك ويدخل في إطار (حملة شعواء) يشنها الإخوان المسلمون على خصومهم. وفي وقت سابق، قال وزير الأوقاف محمد مختار جمعة إنه لن يسمح لأحد بإهانة الأئمة أو التدخل في نطاق عملهم الدعوي.
