هارون قلل من أهمية احتفاظ فرنسا بقاعدة مرسى الكبير ووادي الناموس بعد الاستقلال دافع علي هارون، العضو السابق في فيدرالية جبهة التحرير الوطني بفرنسا، عن اتفاقية إيفيان الموقعة بين الحكومة الجزائرية المؤقتة والحكومة الفرنسية، لأنها كانت السبيل الوحيد لتحقيق الاستقلال الوطني بعد اشتداد ضغط الجيش الفرنسي على الحدود، وقلل هارون من شأن بنود في الاتفاقية تمس بالسيادة الوطنية كاحتفاظ الجيش الفرنسي بقاعدة مرسى الكبير في وهران، وكذا تنفيذه لتجارب نووية في الصحراء الجزائرية بعد الاستقلال. وقال علي هارون في تصريحات لوكالة الأنباء الجزائرية، إن اتفاقية ايفيان لم تكن مجحفة بالنسبة للجزائر، خاصة فيما يتعلق ببقاء الفرنسيين بالقاعدة العسكرية مرسى الكبير سنة 1967 والتجارب النووية بالصحراء، وهما من بين النقاط الحساسة في الاتفاقية التي تلقت بسببها الكثير من الانتقادات. و شرح هارون وجهة نظره حول احتواء اتفاقية ايفيان على بنود تمس بالسيادة الوطنية قائلا: "فرنسا اعترفت بملكية الجزائر لمرسى الكبير كما أن هذه القاعدة لم تستغل بعد سنوات من رحيل الفرنسيين". وبخصوص الترخيص للتجارب النووية في الصحراء، أشار علي هارون إلى أن هذه التسوية بين الجزائروفرنسا" لم تكن متضمنة في اتفاقية إيفيان بل في الاتفاقية الخارجية". ومعلوم أن فرنسا احتفظت بقاعدة للتجارب النووية والبيولوجية في الصحراء الجزائرية، في منطقة وادي الناموس التابعة إداريا لولاية بشار، وظلت تلك القاعدة تابعة للجيش الفرنسي إلى غاية نهاية السبعينات. ومع زيارة الرئيس الفرنسي فرانسوا هولاند الأخيرة إلى الجزائر، تعهدت السلطات الفرنسية بتطهير القاعدة من النفايات النووية. وظل ملف التجارب الفرنسية بعد الاستقلال من أكثر الملفات حساسية في تاريخ العلاقات الجزائرية الفرنسية، ما يطرح تساؤلا حول طرحه بهذه الجرأة في وكالة الأنباء الرسمية، ومعالجته مع أحد الفاعلين في الثورة التحريرية مثل المجاهد علي هارون. والثابت تاريخيا أن اتفاقية إيفيان لم تلق الإجماع من قبل قيادة جيش التحرير الوطني، التي اعتبرت بعض بنودها تنم عن "نزعة استعمارية جديدة". وفي هذه النقطة يقول علي هارون إن "الوضع الذي كانت عليه الجزائر في مارس 1962" لم يكن يسمح بمواصلة الحرب بما أنه "كان من المستحيل تمرير الأسلحة بسبب خطي شارل وموريس". وحسب علي هارون، فإن هذه الاتفاقية سمحت بانتزاع "استقلال البلد وتحقيق الوحدة الترابية للجزائر ووحدة الشعب الجزائري لأن فرنسا كانت ترغب في تكريس طبقية بين المواطنين". وحول موضوع شوقي مصطفاي الذي تفاوض مع متطرفي منظمة الجيش السري، أوضح علي هارون أن "بن بلة لم يكن الوحيد الذي تخلى عن مصطفاي، بل حتى الحكومة المؤقتة للجمهورية الجزائرية قامت بذلك". وتابع يقول "عندما وصل مصطفاي يوم 7 جوان 1962 إلى طرابلس، فإن الأزمة كانت قد بدأت عشية ذلك، أي يوم 6 جوان"، مؤكدا أن "مصطفاي قام بما كان يجب القيام به من خلال التفاوض مع منظمة الجيش السري وكان ذلك بموافقة الحكومة المؤقتة للجمهورية الجزائرية".