من بين أهم التحديات التي تواجهها أقسام الشحن هي ضيق المساحات المخصصة للتخزين قبل معالجة السلع. فقد ورثت الخطوط الجوية الجزائرية منشآت وحظائر تعود إلى الثلاثينيات، أضحت لا تتسع لوتيرة النمو الذي تعرفه عمليات الشحن على مستوى المطار الدولي بالخصوص، مما يصعب مهام مصالح الجمارك في معالجة مختلف السلع والبضائع التي تتراوح بين البريد والطرود والسلع المستوردة من قبل الشركات والمؤسسات خاصة منها قطع الغيار، ولكن أيضا المواد الحساسة والخطيرة وحتى المشعة، فقد لوحظ مثلا أن الحيز أو المساحة التي تخصص لتخزين المواد المشعة لا تتناسب مع مقاييس الأمن والأمان المعتمدة دوليا، كما أنه لم يحز لحد الآن على مصادقة مركز البحث النووي، كما أن المساحة المخصصة للمواد الخطيرة والحساسة متواجدة بداخل مباني التخزين، وتتواجد مواد خطيرة منذ سنوات يمكن أن تمثل خطرا على المطار. وحسب مصادر عليمة، فإنه تم توجيه مراسلات للتنبيه بضرورة معالجة هذه المواد التي تم التخلي عنها من قبل المتعاملين الاقتصاديين لتفادي أية مضاعفات سلبية. بالمقابل، قامت شركة خاصة ''سويسبور '' بإقامة مخازن وحظائر جديدة منذ سنتين، نجحت من خلالها في افتكاك عقود الخدمات في مجال الشحن مع أهم شركات الطيران الدولية مثل لوفتهانزا الألمانية، وسبانير الإسبانية و''تاب'' البرتغالية، رغم تكلفتها الأعلى مقارنة بالخطوط الجوية الجزائرية، إضافة إلى أهم الشركات الدولية المتخصصة في البريد السريع، إلا أن المنشآت التي تم إقامتها جهزت بأحداث وسائل المراقبة وقامت الشركة السويسرية بربط المخازن بمقر الشركة الأم للمراقبة عن بعد لكل النشاط، يوميا، فضلا عن تسوية السلع والبضائع بفعالية. بالمقابل، شدد أمين عام فرع نقابة المطار السيد عاشور بلجيلالي على ضرورة إحلال الحوار بين كافة الأطراف لإيجاد حلول عملية لعدد من المشاكل المطروحة خاصة ضيق المساحات المخصصة للشحن والفصل بين الشحن ونقل المسافرين، مضيفا أن توسيع مساحات التخزين ومعالجة السلع أمر ضروري، خاصة وأن شركات أجنبية تحصلت على تسهيلات في هذا المجال، فلماذا لا تستفيد المؤسسات الجزائرية بذات التعامل؟