رهن الازهر الشريف عودة العلاقات المقطوعة مع الفاتيكان بما يقدمه من "خطوات إيجابية جادة تظهر احترام الإسلام والمسلمين"، وذلك بعد ثلاثة أشهر من انتخاب البابا فرنسيس الأول، بابا جديدا للفاتيكان. وقال الأزهر في بيان له السبت "إن عودة العلاقات بين الأزهر والفاتيكان مرهونة بما تقدمه مؤسسة الفاتيكان من خطوات إيجابية جادة تظهر بجلاء احترام الإسلام والمسلمين"، حسب ما نقلت وكالة انباء الشرق الاوسط الرسمية في مصر. وقال البيان إن في مقدمة هذه الخطوات "الرد على تهنئة الأزهر للبابا بمناسبة ترسيمه"، والتي قال الأزهر انه "لم يتلق حتى الآن الرد عليها". وجدد الأزهر مجددا مطالبته الفاتيكان "باحترام الإسلام والمسلمين، بما يؤسس لإعادة العلاقات بين الجانبين على أسس". واختير البابا فرنسيس الاول في مارس الفائت خليفة للبابا بنديكتوس السادس عشر الذي اعلن تخليه عن منصبه بشكل مفاجئ في نهاية فبراير الماضي. وبدأت الخلافات بين الفاتيكان والمسلمين بسبب تصريحات للبابا بنديكتوس السادس عشر في جامعة المانية في سبتمبر 2006 ربط فيها بين الاسلام والعنف. واقتبس حينها البابا المستقيل مقطعا من حوار دار في القرن الرابع عشر بين إمبراطور بيزنطي ومثقف فارسي. واستعاد البابا قول الإمبراطور للمثقف "أَرِني ماذا قدم محمد من جديد، وسوف لن تجد إلا أمورا شيطانية وغير إنسانية، مثل أوامره التي دعا فيها بنشر الإيمان عن طريق السيف"، وهو الامر الذي اثار تظاهرات غاضبة اوقعت قتلى في ارجاء العالم الاسلامي.
واستانف الطرفان في عام 2009 الحوار بينهما لكن الامور تأزمت مجددا مطلع جانفي 2011، اثر ادانة البابا المستقيل لتفجير كنيسة القديسين في مدينة الاسكندرية (شمال مصر) داعيا الى حماية المسيحيين في مصر.
وقرر الازهر عقب هذا الموقف تجميد علاقاته مع الفاتيكان لأجل غير مسمى، بسبب ما اعتبره آنذاك تعرضا متكررا من بابا الفاتيكان السابق للاسلام بشكل سلبي.