وجهت منظمات دولية اتهامات للجيش المالي حول ارتكاب عمليات قتل متعمدة راح ضحيتها مدنيين وانتقامات في مناطق ديابالي وكونا، خاصة في المناطق التي تم استرجاعها من الجماعات الإسلامية المسلحة، أين أظهر شريط فيديو عناصر تابعة للجيش المالي وهم يعذبون أحد المكبلين، كما اتهم محققو منظمة "هيومن رايتس ووتش" الذين زاروا المنطقة في الأيام الأولى من الحرب الجيش الحكومي بارتكاب عمليات نهب وسرقة لممتلكات المواطنين العرب والطوارق، إذ كشف شهود عيان أن الجيش المالي رمى بعشرات الأحياء في آبار للمياه العميقة في هذه المناطق، وأطلق نيراناً كثيفة على الجثث بعد رميها، فيما كشفت منظمة "هيومن رايتس ووتش" في تقرير لها عن اختفاء عشرات المدنيين الماليين من الطوارق والعرب، خاصة في مناطق الشمال. مضيفة في هذا الإطار أن العديد من غارات الطيران الفرنسي قتلت مدنيين عزلاً في مناطق غاو وتومبكتو وكيدال. وتحدثت وسائل إعلام عن نهب محلات تجارية في تومبكتو يملكها عرب أزواديون في عمليات انتقام مستمرة بعد سيطرة الفرنسيين والقوات المالية عليها، وقد دعت مجموعة من المنظمات الدولية السلطات المالية إلى ضرورة الإسراع في توفير الحماية لكل الماليين مما وصفتها بأعمال الثأر والتصفية العرقية.