L'audit réalisé en 2007 par deux experts de l'Organisation mondiale des douanes a relevé un certain nombre de dysfonctionnements au sein de l'institution douanière. Extraits du rapport. « L'administration des Douanes algériennes est gouvernée d'”en-haut” et a une longue histoire centralisatrice. De plus, l'histoire récente de ce pays n'a pas permis de décentraliser les pouvoirs de décision ; différentes strates bureaucratiques se sont superposées pour répondre aux demandes nouvelles des gouvernants ou de la situation, mais sans remise en cause de l'organisation générale. » « Le manque total de relations institutionnelles, depuis plusieurs années, entre la douane et ses partenaires naturels, est le symptôme d'une administration qui s'est isolée et ne s'est pas modernisée. Cela entraîne des dysfonctionnements sérieux, des blocages administratifs inexplicables qui empêchent l'activité commerciale internationale de se développer correctement, notamment au port d'Alger. Aucun objectif précis au sein de la douane algérienne ne se dégage clairement pour un observateur étranger, elle semble orientée vers le contrôle pour le contrôle (…), l'aide au commerce international n'est pas prise en compte ; au contraire, la douane s'est isolée de ses partenaires économiques dont elle ne prend pas en compte les avis. Cela a des conséquences sur l'implantation des entreprises étrangères et permettrait d'éviter la mono-exportation (hydrocarbures) et de créer des emplois. »
