La loi de finances complémentaire 2009 a fait chuter sévèrement le trafic du port de Marseille. Cette entreprise portuaire de l'Hexagone a clairement mis en évidence l'impact des dispositions de la LFC sur ses activités durant l'exercice 2009. Le trafics roulants a baissé de 7% en 2009, « affectés par les nouvelles mesures douanières algériennes », lit-on dans le bilan 2009 de l'entreprise du port de Marseille. « Poussés par le dynamisme des importations d'Extrême-Orient, les conteneurs connaissent une hausse de 4% alors que les deux autres segments ont été pénalisés par les difficultés de la sidérurgie et par les nouvelles règles d'importation de l'Algérie, marché historique des bassins de Marseille. » Dans sa note annuelle consacrée au bilan de l'exercice écoulé, le port de Marseille a souligné que « l'interdiction totale d'importer les engins des travaux publics d'occasion édictée par le gouvernement algérien fin juillet 2009 a fortement affecté le trafic roulant, qui a baissé de 7% en 2009 ». Cependant, en dépit d'une chute significative du trafic du port avec l'Algérie (-9%), le pays demeure le second client de l'entreprise portuaire marseillaise. Ainsi, dans le classement 2009 de ses principaux clients, le port de Marseille classe l'Algérie au deuxième rang après la Chine en ce qui concerne le trafic de conteneurs. « Les deux premiers client du GPMM, la Chine et l'Algérie, se maintiennent à la même place qu'en 2008, malgré des évolutions très contrastées », lit-on dans le même document. « La Chine reste le premier client et conforte sa progression grâce à une très forte augmentation (+40%) des trafics, notamment en sortie du port, pendant que l'Algérie garde le 2e rang malgré une réduction de près de -9% avec le GPMM suite aux nouvelles règles douanières qui pénalisent les échanges. » L'impact de la LFC 2009 sur l'activité et le chiffre d'affaires du port de Marseille est de taille. Il est mentionné qu'« à l'image de l'ensemble des ports européens, Marseille Fos a été fortement pénalisé par la crise économique mondiale. A ce contexte défavorable se sont ajoutés l'incident du pipe-line SPSE, les mesures douanières prises par l'Algérie, mais aussi plusieurs mouvements sociaux ». Globalement, le bilan de l'exercice écoulé du port de Marseille a été caractérisé par un recul de 13,3% du trafic. L'on relève dans la foulée un fléchissement de 8% du chiffre d'affaires 2009, soit 172 millions d'euros. Par ailleurs, l'activité passagers a connu, elle aussi, une baisse sur les lignes régulières. Cette chute est de l'ordre de -3%, soit l'équivalent de 856 000 passagers de moins en 2009 en comparaison avec l'année 2008. L'entreprise du port de Marseille considère que les lignes régulières (Corse, Algérie et Tunisie) sont un marché très disputé, directement concurrencé par d'autres ports méditerranéens ainsi que par le transport aérien. Pour les lignes internationales Algérie et Tunisie, la concurrence de l'aéroport Marseille-Provence est de plus en plus pressante puisque ce dernier affiche en 2009 une hausse de plus de 10% sur ses destinations vers l'Afrique du Nord alors que le trafic avec l'Algérie pour le port de Marseille Fos baisse de 9% (333 600 passagers).
