Le vol MS804 qui avait décollé la veille de Paris, s'est abimé en mer à 280 kilomètres des côtes égyptiennes, au sud de l'île grecque de Karpathos. A son bord se trouvaient 56 passagers, sept membres d'équipage et trois agents de sécurité de la compagnie. Parmi les passagers, une majorité d'Egyptiens et de Français. L'on déplore aussi le décès d'une jeune algérienne de 24 ans, Saoudi Nouha, épouse Bettiche originaire de Mila et résidant à Nantes en France, qui était à bord du vol MS804 en compagnie de son mari Bettiche Fayçal et de ses deux bébés, Mohamed et Joumana, selon les Affaires étrangères algériennes. Selon le ministre grec de la Défense, l'avion a subitement fait un virage à 90° sur la droite puis de 360° sur la gauche avant de disparaître des écrans radars ; l'appareil a chuté en quelques secondes de 37 000 à 10 000 pieds et a perdu tout moyen de communication. Selon la compagnie, l'avion, mis en service en 2003, cumulait 48 000 heures de vol, le tandem de pilotage, très expérimenté, avoisinait les 10 000 heures de vol sur cet appareil. Très vite, les théories les plus farfelues ont parcouru les réseaux sociaux et les plateaux de télévision. La chute d'une météorite — filmée par ailleurs — avait été évoquée comme ayant causé le crash. Mais selon les experts, cette théorie est peu probable. Restent les deux possibilités majeures dans des conditions météorologiques aussi bonnes : un dommage structurel important (comme la dislocation d'une partie ou de la totalité de l'appareil) ou une explosion due à un missile ou à une bombe. Ce drame n'est pas sans rappeler le crash du vol 9268 de la compagnie russe Metrojet dans le Sinaï, après l'explosion d'une bombe dissimulée par des terroristes de la branche locale Etat islamique dans une canette de boisson. Selon Pierre Condom, ancien directeur de la revue Air et Cosmos et expert aéronautique, «statistiquement, tout pointe le doigt vers un attentat, un incident en vol de croisière est trop rare pour être retenu comme hypothèse principale dans ce genre de cas». Cette thèse de l'attentat est confortée par les déclarations d'un responsable de l'aviation civile grecque, qui avance qu'il n'y aurait eu aucun problème signalé par le pilote dans le dernier contact. Sur place, les opérations de recherche ont été entamées par cinq navires de différentes nationalités, dont au moins un vaisseau militaire russe et un autre égyptien. La zone est connue pour être très fortement militarisée et de nombreux moyens d'observation aériens y sont déployés depuis les troubles en Syrie et en Irak. Des débris d'avion, qui pourraient être ceux de l'appareil d'Egyptair, ont été découverts au large de l'île grecque de Crète par un avion égyptien.
