L'arbitrage a fait quelques vagues durant la CAN. Le premier tour a été marqué par la grosse faute de l'arbitre marocain Lardjoun qui a refusé un but valable à l'Angola face au Togo 2-2, et qui a précipité l'élimination des Palancas Negras. Si le referee marocain avait validé le but, qui était limpide, l'Angola n'aurait pas été la première victime de l'arbitrage à la CAN. Lardjoun a payé cash sa faute. La Commission des arbitres l'a écarté de la liste des arbitres retenus pour le second tour. La CAF lui a réservé une place sur le premier vol à destination de Rabat.En quart de finale, les choses se sont bien passées sans grande contestation. Dans l'ensemble, les arbitres ont bien tenu leur rang. C'est en demi-finale que la polémique a repris de plus belle. A Alexandrie, les Nigérians ont contesté l'arbitrage du Sud-Africain Jérôme Damon, coupable à leurs yeux d'avoir donné un coup de pouce à la Côte d'Ivoire en ne sifflant pas un hors-jeu flagrant, selon les propos de leur entraîneur Augustine Eguavoen, sur l'action du but de Drogba. Selon le camp nigérian, l'attaquant de Chelsea était hors jeu avant de récupérer le ballon dans le dos de Yobo. Les images de la télévision ont donné beaucoup de crédit aux critiques des Super Eagles. Quelques heures plus tard, c'est au tour de l'arbitre camerounais Raphael Dauphine de la rencontre Egypte-Sénégal de subir les foudres des Sénégalais qui l'ont accusé de les avoir privés d'un penalty dans le temps additionnel. Sur une action identique, un attaquant égyptien a bénéficié d'un penalty lors du match Egypte-RD Congo. Sur l'action en question, le Sénégalais Diamantsi a dribblé un défenseur égyptien, il avait le ballon devant lui lorsque la jambe de l'Egyptien a heurté la sienne. Sur l'action, il y a eu un coup de sifflet de l'arbitre camerounais. Les Sénégalais croyaient qu'il avait sifflé penalty, avant de se rendre compte qu'il indiquait une sortie de but. Penalty, pas penalty ? Difficile de se prononcer lorsqu'on n'est pas partie prenante. La commission des arbitres de la CAF doit gérer ces trois cas. Si elle arrive à la conclusion, après visionnage des images, les arbitres incriminés ne reviendront pas de sitôt dans le circuit.