L'université Badji Mokhtar a adhéré au projet AUF-Maghreb sur l'innovation et la création d'entreprises. Le projet, qui porte sur 60 crédits ECTS dans le cadre d'un programme de formateurs en droit et économie, marketing et développement, gestion industrielle, innovation, gestion de projets, séminaire de création, bénéficie de partenaires universitaires du Maroc, de la Tunisie, de l'Algérie, de la France et de la Belgique, chambres de commerce et d'industrie, Union européenne, AUF et commission universitaire pour le développement.