Nkunda, natif du Nord-Kivu, était un officier supérieur du Rassemblement congolais pour la démocratie - Goma (RCD-Goma) soutenu par le Rwanda, l'un des principaux groupes rebelles ayant combattu en RDC de 1998 à 2003. En 2004, il a été nommé général dans une nouvelle armée nationale congolaise créée avec des soldats des forces dissidentes à la fin de la guerre. Il a refusé le poste et s'est retiré avec des centaines de ses soldats dans les forêts de Masisi au Nord-Kivu, où il dirige depuis la rébellion refusant d'intégrer ses hommes dans l'armée congolaise. En septembre 2005, le gouvernement de Kinshasa a lancé un mandat d'arrêt international contre Nkunda, qui a été impliqué dans de nombreux crimes de guerre et dans d'autres graves atteintes aux droits de l'homme au cours des trois dernières années. En mai 2002, Nkunda, ainsi que le général Amisi, était au nombre des officiers du RCD-Goma responsables de la brutale répression d'une tentative de mutinerie à Kisangani où plus de 160 personnes ont été sommairement exécutées. Au cours d'un incident, les soldats sous le commandement de Nkunda ont ligoté, bâillonné et exécuté 28 personnes puis ont mis leurs corps dans des sacs lestés avec des pierres et les ont lancés depuis un pont à Kisangani, selon HRW. Après que les Nations unies aient commencé à enquêter sur ces crimes, Nkunda et plusieurs gardes armés sont entrés dans les locaux des Nations unies, ont enlevé et battu deux gardes.
