Lorsque le candidat Bouteflika a entamé sa campagne électorale lors de son premier mandat, en 1999, il a fait de la lutte contre la corruption son cheval de bataille. Un discours nouveau qui a surpris l'opinion publique de par sa virulence à l'égard de ce phénomène qui, selon lui, a gangrené les institutions algériennes. Sachant l'importance que revêt ce sujet chez les Algériens, Bouteflika va pousser le bouchon plus loin jusqu'à dénoncer l'existence d'« une mafia politico-financière » et de « 12 barons qui ont le monopole du commerce extérieur », et préciser que « chez nous, les bandits sont devenus des gouvernants et les gouvernants des bandits ». Après son élection, il va surprendre l'opinion lorsqu'il lance à partir de Tipaza en disant : « L'Algérie est minée par la corruption (...) Des bandits ont pris en main le marché de l'importation par la force, et parfois par la menace et la terreur (...) ces monopoles individualisés sur le marché agissent selon les textes des lois de la République. Ce qui explique l'assurance de ce groupe de personnes à dominer l'économie du pays. Toutes les facilités leur sont accordées par les banques (...) l'Algérie est une terre marécageuse polluée. Elle a besoin d'être nettoyée d'abord, ensuite travaillée par des hommes intègres. » Jamais dans l'histoire du pays, un responsable n'a été aussi clair vis-à-vis du phénomène de la corruption qui gangrène les institutions de l'Etat. Il a à ce titre exhorté les services des douanes et de la gendarmerie nationale « à mettre à nu les malversations constatées » et appelé par la même occasion les citoyens à s'impliquer dans cette lutte en dénonçant les cas de corruption. Un message qui a donné l'espoir de se voir libérer de ce fléau. De ce fait, des dizaines voire des milliers de lettres faisant état d'affaires de corruption et de détournement de deniers publics sont transmises aux services de la présidence. Croyant à une véritable campagne de lutte contre la corruption, des cadres des services des douanes ont dévoilé, preuves à l'appui, plusieurs courants de fraude qui saignaient depuis des années le Trésor public. Il s'agit notamment des vraies fausses domiciliations bancaires, des fausses déclarations en matière d'exportation des déchets ferreux et non ferreux et d'importation de produits électroménagers dans le cadre de la formule dite Règle 2 A et des dispositions CKD-SKD destinées au soutien de l'industrie du montage et de l'assemblage. Les commissions installées au niveau interne des services des douanes et chargées d'enquêter sur ces courants de fraude ont estimé, dans leur rapport adressé au président de la République, à près de 7 milliards de dollars US les pertes occasionnées au Trésor public en l'espace de quatre années. Révélation confirmée également par l'Inspection générale des finances (IGF) qui a rendu un deuxième rapport au président. La justice a été saisie en juillet 2000 et de nombreux cadres de la direction générale des douanes, des banques publiques et des services de police ont été convoqués et certains d'entre eux inculpés. En 2002, c'est le grand scandale du groupe Khalifa qui a éclaboussé les plus hautes institutions de l'Etat qui éclate au grand jour en 2003. Bouteflika est réélu pour un deuxième mandat, mais la corruption a atteint son summum. Alors que la justice se saisit de l'affaire Khalifa, les banques publiques font l'objet de véritables hold-up. D'importants crédits sont alloués à des opérateurs sans aucune garantie à même de sécuriser le remboursement. Aucune banque n'a été épargnée puisque les scandales arrivent en cascade. Les dossiers ouverts en début 2000 sont vite refermés et ceux qui les ont ouverts ont, pour bon nombre d'entre eux, été sanctionnés. Et partant, pour nombre d'observateurs, la lutte contre la corruption n'est finalement qu'un discours creux. Les déclarations de Bouguerra Soltani relatives à sa détention de dossiers sur des personnalités de l'Etat corrompues et la réaction brutale du président, menaçant de le poursuivre en justice, montrent que ce fléau est loin d'être une affaire de quelques ministres ou de généraux, mais touche toutes les institutions de l'Etat, au point où même le président n'a pu le combattre, au bout de deux mandats successifs.
