Cette politique eut un effet notable sur le recul des forces de l'Emir, notamment après la perte de ses bases arrières au Maroc, après que Moulay Abderrahmane, sultan du Maroc, eut resserré l'étau autour de lui, prétextant son engagement à respecter les termes du traité de « Lalla Maghnia » et ordonné à ses troupes de pourchasser l'Emir et ses partisans, y compris les tribus qui s'étaient réfugiées au Maroc pour fuir la répression de l'armée d'occupation. La reddition de l'Emir eut lieu le 23 décembre 1847 après acceptation de ses conditions par le commandant français Lamoricière. L'Emir fut transféré à Toulon alors qu'il avait exprimé le souhait de se rendre à Alexandrie ou Acca comme convenu avec les dirigeants français. Mais ses espoirs furent déçus et comme à leur habitude, les Français ne respectèrent pas leurs engagements. Il aurait plutôt souhaité donc mourir au champ d'honneur que de subir ce sort et exprima ses regrets par ces mots : « Si nous avions su que les choses se dérouleraient ainsi, nous aurions poursuivi le combat jusqu'à la mort » Ensuite, l'Emir et sa famille furent conduits à une résidence au Lazaret et de là à « Fort Llamalgue » le 10 janvier 1848. Lorsque tous les membres de sa famille et de sa suite furent arrêtés, l'Emir fut transféré à la ville de Pau à la fin du mois d'avril de la même année pour y demeurer jusqu'à son transfert à Amboise le 16 octobre 1852, année de sa libération par Napoléon III. L'Emir s'établit à Istambul et durant son séjour, il visita le tombeau de Abu Ayyoub al Ansari et visita la mosquée Aya Sofia (Sainte Sophie). Mais il préféra s'établir dans la ville de Borça pour son histoire, ses beaux sites et ses monuments historiques. Cependant il n'y resta pas très longtemps à cause des séismes qui secouaient la région de temps à autre. Il se rendit à Damas en 1855 sur autorisation du sultan ottoman, et là, il se consacra à la lecture, au soufisme, à la théologie, aux hadiths (Propos et tradition du prophète Mohammed (qsssl) et à l'exégèse du Coran. L'une des positions humanitaires à mettre à l'actif de l'Emir fut son opposition à la discorde sectaire qui eut lieu entre chrétiens et musulmans de Syrie en 1860. L'Emir devint une personnalité internationale, suscitant le respect et la considération en tous lieux et il fut même invité à l'inauguration du Canal de Suez en 1869. Il mourut le 26 mai 1886 à Doumer, dans la banlieue de Damas à l'âge de 76 ans. Il fut enterré à proximité du tombeau de Cheikh Mohieddine ibn Arabi al Andaloussi. Sa dépouille fut transférée à Alger en 1966. Il est le fondateur de l'Etat algérien moderne et le leader de sa résistance contre le colonialisme français entre 1832 et 1847. Il fut également l'un des plus grands hommes du soufisme, de la poésie et de la théologie et par dessus tout, il fut un apôtre de la paix et de la fraternité entre les différentes races et religions. Ce qui lui valut de nombreuses amitiés et l'admiration des plus grands hommes politiques dans le monde. En France, le maire de Paris a inauguré, le 27 octobre 2006, une place Abd El Kader dans le 5e arrondissement, à proximité de la Mosquée de Paris.