Dans un four classique, la chaleur cuit les aliments par l'extérieur, et pénètre progressivement vers le cœur. Il faut générer une température élevée (200 °C et plus). Dans le four à micro-ondes, les ondes agitent les molécules d'eau, et c'est ce « frottement » qui provoque l'élévation de la température. La chaleur atteinte n'est pas très élevée (insuffisante pour saisir), mais la cuisson s'effectue tant en surface qu'en profondeur. Au global, la cuisson au four à micro-ondes permet de cuire plus rapidement et plus uniformément, ce qui limite la dégradation des vitamines, par rapport à une cuisson au four classique où il faut chauffer plus, et plus longtemps. C'est ce qui est observé pour toutes les vitamines, à l'exception cependant de la B1, plus sensible aux micro-ondes.
