Initiée en octobre 2000, lors de la première rencontre nationale du mouvement associatif écologique en Algérie, sous le patronage du président de la République, la Fnpe, et après avoir rassemblé plus de 90 associations nationales et locales, a reçu son agrément en juillet 2002. A partir de cette date, elle a commencé à s'organiser, à mettre au point ses plans et programmes et à activer. La Fnpe compte s'ériger en un des principaux piliers de la protection de l'environnement et du développement durable en Algérie, à travers des orientations, des aides, soutiens, des études, des conseils techniques, scientifiques et pratiques qu'elle apportera au fur et à mesure de l'avancement et du développement de l'action et de l'activité environnementale en Algérie. Elle se veut être, par ailleurs, un acteur à part entière dans la préservation de la nature et de l'environnement, mais aussi un pôle rassembleur et unificateur d'efforts et de compétences environnementales sous forme de réseaux thématiques et disciplinaires divers et variés. Enfin, les principaux domaines d'activités, qu'entreprend la fédération sont : les changements climatiques, la désertification, la biodiversité, le développement durable, les déchets, l'agriculture, les forêts, l'eau, l'énergie, la pollution de l'air, l'industrie, le transport, la santé, les travaux publics, le management environnemental, l'aménagement du territoire, la sensibilisation et la communication environnementale, l'éducation à l'environnement…
