Hahnemann met ainsi en place une nouvelle thérapeutique, il faut le dire, révolutionnaire au XIXe siècle. On n'avait jamais expérimenté des substances médicamenteuses sur l'homme sain, ni étudié leurs effets et leur efficacité sur les sujets malades. Autre grande innovation : les remèdes sont employés dilués, c'est notamment le cas des alcoolatures qui sont plus efficaces quand elles sont diluées. Hahnemann classe les maladies en maladies sporadiques, épidémiques et chroniques. Mais quelles qu'elles soient, elles sont liées au lieu où nous vivons, aux conditions météorologiques, au caractère de l'individu, à sa constitution. L'organisme assailli répond par la maladie. Comme dans la tradition des Anciens, notamment Hippocrate, il faut savoir prescrire le médicament qui rétablira l'équilibre. Hahnemann recommande de ne pas s'arrêter à l'organe malade mais d'ausculter tout le corps. il s'agit, selon les termes du médecin saxon, de suivre tous les «épisodes d'un état morbide», pour suivre le déroulement de la maladie, ses transformations, soit prévenir certaines manifestations ou complications. C'est ainsi qu'il a été le premier à envisager l'état précédant l'apparition d'une tuberculose ou d'un cancer. L'individuation du patient consiste donc à interroger longuement le patient, et tous les symptômes que l'on relève constituent un tableau morbide qu'il s'agira de confronter avec une des physionomies de la matière médicale à lui appliquer.
