L'incinération a été pratiquée, mais moins fréquemment que les autres types d'inhumation. Le principe de l'incinération est de livrer le corps au feu. C'est le feu qui, en réduisant le corps en cendres, délivre l'âme de son enveloppe matérielle, et lui permet de rejoindre l'univers des esprits. Les cendres recueillies sont alors éparpillées, la matière retournant à la poussière. Dans les sites préhistoriques maghrébins deux types de crémations ont été pratiqués : une crémation partielle et la crémation proprement dite. Dans la première, les os portent des traces de combustion, certains étant même en partie brûlés, dans la seconde, le feu a détruit une grande partie du corps, il ne reste que des cendres et quelques fragments osseux placés souvent dans un vase. On peut considérer que dans la crémation incomplète, on ne cherche qu'à détruire les chairs du cadavre, en revanche, dans l'incinération proprement dite, on cherche à détruire tout le cadavre. L'incinération incomplète n'a été reconnue que dans quelques sites, principalement en Tunisie, dans les régions de Gabès et de Gafsa, et en Algérie orientale, à Kef el-Djelem, dans la région de Tébessa. Dans le cas de la sépulture de Kef el-Djelem – un dolmen –, les ossements sont tous brûlés, à l'exception du crâne et de la mâchoire, restés en bon état.
