L'encyclopédie recense les symptômes du syndrome de Protée. «Les symptômes de cette maladie sont les suivants : — Augmentation importante du volume des extrémités (gigantisme partiel) ; — Macrocéphalie (augmentation de volume du crâne) ; — Allongement important du tronc : anomalies des vertèbres à l'origine d'une déviation et d'un allongement du rachis (colonne vertébrale) ; — Exostoses (développement à la surface des os de petites tumeurs bénignes constituées de tissu osseux) : — Macrodactylie : développement exagéré d'un ou de plusieurs doigts (ou orteils-angiomes : malformation bénigne des vaisseaux (veines, artères et capillaires – petits vaisseaux –) sanguins ou lymphatiques (lymphangiomes), d'origine congénitale, entraînant une déformation de leur forme et de leur structure ; — Présence constante de nævi pigmentaires (petites taches cutanées), parfois de taches café au lait, avec des lipomes (tumeurs sous-cutanées bénignes) ; — Epaississement localisé de la peau qui prend un aspect particulier, notamment sur la plante des pieds (aspect cérébréforme) ; — Lipomes (masses de tissu graisseux situées sous la peau) ; — Pied large et plat, appelé pied à mocassins ; — Crises comitiales (épilepsie) ; — Atrophie musculaire (diminution du volume musculaire). La radiologie montre l'augmentation de volume des tissus osseux, apparaissant comme des tumeurs. Il existe quelquefois des lacunes osseuses (absence d'os), particulièrement dans la main ou les pieds, ressemblant à des chondromes, des tumeurs bénignes formées de tissu cartilagineux, susceptibles de se transformer en chondrosarcome, une tumeur maligne…»