Son premier navire est la frégate «Président», commandée par le commodore Richard Dale, qui était alors en mission dans la Méditerranée où les Américains faisaient la guerre aux Turcs de Tripoli. Le commodore, qui s'était illustré durant la guerre d'indépendance américaine, s'est également illustré dans cette guerre contre les Turcs, dont il va obtenir la capitulation en 1805. Johnston Blakley participe à la guerre de Tripoli et s'illustre, lui aussi, par des actes de bravoure. En 1807, il est nommé lieutenant et en 1811, il reçoit le commandement d'un navire, le «Enterprise». Quelques mois après, il devenait capitaine. Il avait parcouru bien du chemin, le petit Johnston. Les autorités américaines avaient compris que ce jeune homme, plein d'ambition, était un homme sur qui on pouvait avoir confiance. Aussi, une année après la déclaration de guerre à l'Angleterre, en 1812, on lui confie le commandement de l'un des navires de guerre américains, le plus puissant, le «Wasp». Il était le deuxième navire à porter ce nom, le premier, un grand bateau également, avait été capturé par les Anglais, après leur avoir infligé une sévère défaite. Le deuxième «Wasp» devait prendre la revanche de son prédécesseur et faire de nouveau trembler l'ennemi. On avait hésité sur le commandant qui allait le prendre, finalement on s'était décidé pour Blakley.