Au XIIIe siècle, une autre ville a été construite sur le site actuel. En 1552, les Turcs ont essayé d'occuper le ksar sans y parvenir. Il résistera aussi à la conquête française qui ne sera définitive qu'en 1872. La ville moderne a été construite près de l'ancien ksar en 1928. Depuis les forages pétroliers de 1954 et de 1956, elle n'a cessé de se développer. Ouargla est prononcé Wargran et Warjren par les habitants de la région. Ibn Khaldoun, dans L'Histoire des Berbères, parle d'une ancienne tribu, les Beni Ourglan et les Ouarglis se donnent comme ancêtre un certain sidi Louargli, qui serait, selon eux, le fondateur de la ville. C'est un fait connu, dans l'histoire de l'Algérie et du Maghreb, qu'un grand nombre de villes tirent leur nom d'ancêtres ou éponymes. Du nom de Ouargla, on a tiré le nom du dialecte berbère local : tagragrent. Le nom semble dériver de la racine RGR ou RJR, attestée en ouargli dans le verbe rjel, rjer (fermer, obstruer) ; ailleurs, en berbère, rgel, nom de la ville pourrait être lu : wa yerejren, par abréviation warjren (celui qui est enfermé, retranché), par allusion sans doute à des fortifications.
