Les oueds permettent la présence d'une végétation permanente et maintiennent l'existence de petites oasis, voire de jardins où poussent des variétés de plantes et où vivent de nombreux animaux, dont certains, comme le daman des rochers ou le crocodile, sont les vestiges des périodes humides du Sahara. C'est le cas, dans le Tassili, des oasis de Edarèneècherir, de Tihoubar ou des maâder de Tamadjert, Tighemar ou Dider. C'est que la présence de l'eau, en surface, et surtout en profondeur, dans les gueltas, permet l'entretien d'une végétation assez riche, en dépit du dénuement apparent du désert. En fait, dès le XIXe siècle, les explorateurs européens du désert se sont rendu compte de cette richesse, en rapportant de nombreux échantillons botaniques. En 1860, Henri Duveyrier pouvait même dresser un catalogue des plantes du Sahara, en notant les noms touareg et les usages qu'on en faisait. Aujourd'hui, on dispose de plusieurs ouvrages, répertoriant la flore du Sahara. Des expéditions sont également organisées pour rechercher les plantes non inventoriées. Ainsi, en 1988, on a reconnu, dans la région centrale du Tassili, une fougère aquatique, la Marsilea egyptiaca, jusque-là inconnue.
