La faune saharienne est également variée et on dispose de plusieurs variétés, dont celle de Le Berre,(1989 et 1990) et celle de Dragesco-Joffé (1993). A côté des mammifères emblématiques du désert, comme l'addax, la gazelle ou le fennec, vivent de petits mammifères (gerboises, gerbilles, lièvres...), notamment des rongeurs, des oiseaux, des reptiles, des arthropodes (scorpions, araignées, insectes). Comme les plantes, les animaux ont développé des stratégies de résistance à l'aridité. Certaines espèces ne sortent que la nuit, ou alors vivent en profondeur, de façon à éviter l'ensoleillement, d'autres ne boivent presque jamais, se contentant de l'eau contenue dans les plantes ou, comme c'est le cas des insectes et des reptiles, réduisent les pertes d'eau en produisant des urines concentrées.... L'animal le plus spectaculaire est le crocodile, reconnu dès le XIXe siècle par les explorateurs européens. Le dernier spécimen aurait été tué en 1924, dans l'oued Imihrou, mais on pense que l'animal n'a pas été totalement exterminé et qu'il en reste encore des spécimens. Le crocodile, comme le cyprès ou l'olivier du Sahara, est le témoin de la période humide de cette région.
