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L'Institut Pasteur rassure sur ses capacités de séquençage
Les analyses des 5 cas suspects toujours en cours
Publié dans Le Soir d'Algérie le 04 - 03 - 2021

L'Institut Pasteur d'Algérie rassure sur ses capacités à dépister le nouveau variant. Même s'il est le seul à pouvoir effectuer le séquençage, ses responsables assurent que les réactifs dont il dispose sont suffisants pour effectuer les analyses nécessaires au dépistage des variants, et que la technologie est maîtrisée. Jusqu'à hier mercredi, les cinq cas suspects du variant britannique étaient toujours en cours d'analyse.
Nawal Imès - Alger (Le Soir) - Les cinq cas suspectés d'être porteurs du variant britannique n'ont toujours pas été confirmés. L'Institut Pasteur d'Algérie est en attente des résultats du séquençage. Il s'agit de cas localisés au niveau de la capitale. Certains d'entre eux sont des cas contacts des deux cas confirmés, alors que d'autres n'ont aucun lien avec eux. L'équipe du département de virologie de l'annexe de Sidi Fredj de l'IPA, qui organisait hier une journée d'information, affirme que c'est grâce à la vigilance que les deux premiers cas avaient été détectés « fortuitement ».
À ceux qui font peser des doutes sur les capacités de l'Institut Pasteur d'Algérie d'effectuer des tests, le Pr Bouzghoub Salima, chef du département virologie à l'Institut Pasteur d'Algérie, répond que l'institut était « à l'aise », et disposait d'assez de réactifs pour effectuer autant de séquençages que nécessaire.
Le Pr Bouzghoub explique, en effet, que ce ne sont pas l'ensemble des tests PCR qui sont soumis au séquençage. Seuls ceux qui paraissent suspects le sont. En pratique, il faut trois étapes pour arriver à détecter un variant, à commencer par le screening par PCR, puis un second PCR, avant que le séquençage ne soit effectué.
Il s'agit d'une procédure qualifiée de « longue et lourde », qui prend entre 3 et 5 jours, coûteuse, et qui nécessite des moyens humains et techniques, notamment une formation en biologie moléculaire. À combien s'élèvent les capacités de séquençage de l'IPA ? Pas de réponse claire de la part de ses responsables, mais le Pr Bouzghoub a mis l'accent sur l'importance de cette technique pour avoir des prévisions du développement de l'épidémie par rapport à sa virulence ou la transmissibilité, et pour s'assurer que les vaccins soient efficaces, évoquant les objectifs de son département qui constituent un passage à une technologie de pointe, à savoir celle du Oxford Nanopore Technologie, l'augmentation des capacités du département de virologie, la mise en place d'une plateforme numérisée, mais également l'augmentation de sa cadence de séquençage. Actuellement, seule l'antenne de Sidi Fredj le fait.
À Constantine, Oran et M'sila, les laboratoires ne sont en mesure de faire que la première étape des analyses. Si le prélèvement s'avère suspect, il est alors acheminé vers Alger, où le séquençage, assure-t-on, est maîtrisé depuis de longues années déjà. Le premier achat de séquenceur remonte à 2009. Depuis, c'est devenu une « activité de routine » qu'il s'agisse de la grippe ou du VIH, affirme la cheffe du département de virologie.
Ce dernier dispose de huit laboratoires de virologie, un de haute sécurité, avec une équipe de 8 virologues et des biologistes. Depuis le début de l'épidémie de Covid-19, l'antenne de Sidi Fredj a effectué 200 000 PCR. Actuellement, avec l'accalmie enregistrée, 300 à 400 tests sont effectués quotidiennement, contre 1 500 par jour, lorsque l'épidémie enregistrait un pic.
Le laboratoire de référence grippe et virus respiratoires n'était pourtant pas préparé à faire face à une épidémie de cette ampleur. Il a rapidement dû faire face au défi de gérer un flux élevé de prélèvements émanant de toutes les wilayas, et surmonter les difficultés logistiques, techniques, mais également au plan des ressources humaines. Avec une moyenne de 1 000 prélèvements par jour, il a fallu rapidement décentraliser avant que 83 laboratoires, dont 48 privés, ne soient validés pour effectuer les tests PCR.
N. I.


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